Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы » Структурная биоинформатика в ВШЭ

h1. Анализ результатов моделирование самосборки липидного бислоя. 

Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи.

* Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DPPC.

<pre>

     %%bash

     /home/golovin/progs/gmx/bin/gmx trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 

</pre>

    Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:

<pre>

     %%bash

     /home/golovin/progs/gmx/bin/gmx trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol

</pre>

    Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование бислоя. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.

* Определите площадь занимаемую одним липидом. Для этого вам придется получить размеры ячейки из траектории.

<pre>

     %%bash  

     /home/golovin/progs/gmx/bin/gmx traj -f b_md.xtc -s b_md.tpr -ob box_1.xvg

</pre>

*    В файле box_1.xvg содержаться размеры ячейки. В первой колонке время в следющих трёх то, что вам надо. Определите какая ось является нормалью к поверхности бислоя. Постройте зависимость площади по соотвествующим осям ( не нормали к поверхности бислоя) от времени. Норимруйте это значание на один липид в слое.

* Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе самосборки.

<pre>

    %%bash

    /home/golovin/progs/gmx/bin/gmx sas -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o sas_b.xvg -dt 100

</pre>

*  Постройте в зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о причинах самосборки фософлипидного бислоя.

* Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому "скачайте ndx файл":http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/sn1.ndx его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ, где "P" это ось, которя является нормалью к поверхности бислоя (см. выше): Для конца траектории:

<pre>

    %%bash

    /home/golovin/progs/gmx/bin/gmx order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 45000 -d P

</pre>

    И для начала траектории

<pre>

    %%bash

    /home/golovin/progs/bin/gmx order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000 -d P

</pre>   

    Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об изменении параметра порядка при образовании бислоя. 

h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выводами