BilAnalysiss
Version 1 (Andrey Golovin, 15.12.2017 15:50) → Version 2/6 (Andrey Golovin, 05.07.2021 15:25)
h1. Анализ результатов моделирование самосборки липидного бислоя.
Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи.
* Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DPPC.
<pre>
%%bash
/home/golovin/progs/bin/gmx
trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20
</pre>
Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
<pre>
%%bash
/home/golovin/progs/bin/gmx
trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
</pre>
Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование бислоя. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
* Определите площадь занимаемую одним липидом. Для этого вам придется получить размеры ячейки из траектории.
<pre>
%%bash
/home/golovin/progs/bin/gmx traj
g_traj -f b_md.xtc -s b_md.tpr -ob box_1.xvg
</pre>
* В файле box_1.xvg содержаться размеры ячейки. В первой колонке время в следющих трёх то, что вам надо. Определите какая ось является нормалью к поверхности бислоя. Постройте зависимость площади по соотвествующим осям ( не нормали к поверхности бислоя) от времени. Норимруйте это значание на один липид в слое.
* Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе самосборки.
<pre>
%%bash
/home/golovib/progs/bin/gmx sas
g_sas -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o sas_b.xvg -dt 100
</pre>
* Постройте в зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о причинах самосборки фософлипидного бислоя.
* Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому "скачайте ndx файл":http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/sn1.ndx его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ, где "P" это ось, которя является нормалью к поверхности бислоя (см. выше): Для конца траектории:
<pre>
%%bash
/home/golovib/progs/bin/gmx order
g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 45000 -d P
</pre>
И для начала траектории
<pre>
%%bash
/home/golovib/progs/bin/gmx order
g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000 -d P
</pre>
Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об изменении параметра порядка при образовании бислоя.
h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выводами
Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи.
* Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DPPC.
<pre>
%%bash
/home/golovin/progs/bin/gmx
trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20
</pre>
Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
<pre>
%%bash
/home/golovin/progs/bin/gmx
trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
</pre>
Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование бислоя. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
* Определите площадь занимаемую одним липидом. Для этого вам придется получить размеры ячейки из траектории.
<pre>
%%bash
/home/golovin/progs/bin/gmx traj
g_traj -f b_md.xtc -s b_md.tpr -ob box_1.xvg
</pre>
* В файле box_1.xvg содержаться размеры ячейки. В первой колонке время в следющих трёх то, что вам надо. Определите какая ось является нормалью к поверхности бислоя. Постройте зависимость площади по соотвествующим осям ( не нормали к поверхности бислоя) от времени. Норимруйте это значание на один липид в слое.
* Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе самосборки.
<pre>
%%bash
/home/golovib/progs/bin/gmx sas
g_sas -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o sas_b.xvg -dt 100
</pre>
* Постройте в зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о причинах самосборки фософлипидного бислоя.
* Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому "скачайте ndx файл":http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/sn1.ndx его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ, где "P" это ось, которя является нормалью к поверхности бислоя (см. выше): Для конца траектории:
<pre>
%%bash
/home/golovib/progs/bin/gmx order
g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 45000 -d P
</pre>
И для начала траектории
<pre>
%%bash
/home/golovib/progs/bin/gmx order
g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000 -d P
</pre>
Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об изменении параметра порядка при образовании бислоя.
h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выводами