BilAnalysiss
Version 1 (Andrey Golovin, 15.12.2017 15:50)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | h1. Анализ результатов моделирование самосборки липидного бислоя. |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи. |
| 4 | 1 | Andrey Golovin | |
| 5 | 1 | Andrey Golovin | * Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DPPC. |
| 6 | 1 | Andrey Golovin | |
| 7 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 8 | 1 | Andrey Golovin | trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 |
| 9 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 10 | 1 | Andrey Golovin | Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте: |
| 11 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 12 | 1 | Andrey Golovin | trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol |
| 13 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 14 | 1 | Andrey Golovin | Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит образование бислоя. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании. |
| 15 | 1 | Andrey Golovin | |
| 16 | 1 | Andrey Golovin | * Определите площадь занимаемую одним липидом. Для этого вам придется получить размеры ячейки из траектории. |
| 17 | 1 | Andrey Golovin | |
| 18 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 19 | 1 | Andrey Golovin | g_traj -f b_md.xtc -s b_md.tpr -ob box_1.xvg |
| 20 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 21 | 1 | Andrey Golovin | |
| 22 | 1 | Andrey Golovin | * В файле box_1.xvg содержаться размеры ячейки. В первой колонке время в следющих трёх то, что вам надо. Определите какая ось является нормалью к поверхности бислоя. Постройте зависимость площади по соотвествующим осям ( не нормали к поверхности бислоя) от времени. Норимруйте это значание на один липид в слое. |
| 23 | 1 | Andrey Golovin | |
| 24 | 1 | Andrey Golovin | * Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе самосборки. |
| 25 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 26 | 1 | Andrey Golovin | g_sas -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o sas_b.xvg -dt 100 |
| 27 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 28 | 1 | Andrey Golovin | |
| 29 | 1 | Andrey Golovin | * Постройте в зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о причинах самосборки фософлипидного бислоя. |
| 30 | 1 | Andrey Golovin | * Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Для анализа нам понадобится специальный индекс файл. Его сделать не сложно, но долго. Поэтому "скачайте ndx файл":http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/sn1.ndx его и положите в директроию с файлами динамики. Теперь запустите сам анализ, где "P" это ось, которя является нормалью к поверхности бислоя (см. выше): Для конца траектории: |
| 31 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 32 | 1 | Andrey Golovin | g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 45000 -d P |
| 33 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 34 | 1 | Andrey Golovin | И для начала траектории |
| 35 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 36 | 1 | Andrey Golovin | g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000 -d P |
| 37 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 38 | 1 | Andrey Golovin | Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об изменении параметра порядка при образовании бислоя. |
| 39 | 1 | Andrey Golovin | |
| 40 | 1 | Andrey Golovin | h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выводами |