Af2cv
Version 2 (Andrey Golovin, 29.11.2023 17:19) → Version 3/8 (Andrey Golovin, 29.11.2023 17:21)
h1. Метадинамика
*Создайте рабочую директорию.*
* Координаты белка возьмите из записи PDB:1L2Y .
* файл настроек для минимизации энергии "em.mdp":https://gitlab.sirius-web.org/golovin/protein-design/-/raw/master/pracs/p5/em.mdp
* файл настроек для "утряски" воды "pr.mdp":https://gitlab.sirius-web.org/golovin/protein-design/-/raw/master/pracs/p5/pr.mdp
* файл настроек для молекулярной динамики "md.mdp":https://gitlab.sirius-web.org/golovin/protein-design/-/raw/master/pracs/p5/md.mdp
* Теперь построим файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs.
<pre><code class="bash">
gmx pdb2gmx -f p.pdb -o p -p -ff amber99sb -water tip3p
</code></pre>
* Делаем небольшой отступ в ячейке от белка.
<pre><code class="bash">
gmx editconf -f p.gro -o p_ec -d 1.5
</code></pre>
* Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле.
<pre><code class="bash">
gmx grompp -f em -c p_ec -p -o p_em -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm dna_p -v
</code></pre>
*Отметье в отчёте изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Знаесите начальное и конечное значение максимальной силы.
* Добавим в ячейку молекулы воды
<pre><code class="bash">
gmx genbox -cp p_em -p -cs -o p_s
</code></pre>
* Нейтрализуем заряд системы. Это делаем в два шага: строим tpr и запускаем genion. В выводе grompp обратите внимание на информацию о заряде системы.
<pre><code class="bash">
gmx grompp -f em -p -c p_s -o p_s
gmx genion -s p_s -o p_si -p -neutral -conc 0.15
</code></pre>
* Проведём "утряску" воды:
<pre><code class="bash">
gmx grompp -f pr -c p_si -p -o p_pr -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm p_pr -v
</code></pre>
* Cравните визуально изменеия в системах p_pr.gro и p_si.gro . Занесите наблюдения в отчёт.
* Запускаем тестовое моделирование молекулярной динамики.
<pre><code class="bash">
gmx grompp -f md -c p_pr -p -o p_md -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm p_md -v -nsteps 1000000 -ntomp 4
</code></pre>
Просмотреть ход счёта можно в файле p_md.log
h.3 Метадинамика
* Попробуем странную штуку https://github.com/spiwokv/af2cv/tree/main
* Надо сделать две системы исходный белок и ваш дизайн, данные для стабилизированного белка я посчитаю сам
* Вероятно, что при утряске воды система будет взрываться, надо в em.mdp поменять integrator на steep. И потом:
<pre><code class="bash">
gmx grompp -f em -c p_si -p -o p_em2 -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm p_em2 -v
gmx grompp -f pr -c p_em2 -p -o p_pr -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm p_pr -v
</code></pre>
* Скопируйте себе библиотеку для этой "CV":https://gitlab.sirius-web.org/golovin/protein-design/-/raw/master/pracs/p5/AFDistProb.cpp?inline=false и файл "plumed.dat":https://gitlab.sirius-web.org/golovin/protein-design/-/raw/master/pracs/p5/plumed.dat
* В начале файла надо внести изменения измеенения в путь к библиотеке с CV
* Для дизайна надо догадаться докадаться как поменять номера атомов в двух местах: WHOLEMOLECULES и ATOMS=
* Запускаем
<pre><code class="bash">
gmx mdrun -deffnm p_md -ntomp 4 -v -plumed plumed.dat
</code></pre>
*Создайте рабочую директорию.*
* Координаты белка возьмите из записи PDB:1L2Y .
* файл настроек для минимизации энергии "em.mdp":https://gitlab.sirius-web.org/golovin/protein-design/-/raw/master/pracs/p5/em.mdp
* файл настроек для "утряски" воды "pr.mdp":https://gitlab.sirius-web.org/golovin/protein-design/-/raw/master/pracs/p5/pr.mdp
* файл настроек для молекулярной динамики "md.mdp":https://gitlab.sirius-web.org/golovin/protein-design/-/raw/master/pracs/p5/md.mdp
* Теперь построим файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs.
<pre><code class="bash">
gmx pdb2gmx -f p.pdb -o p -p -ff amber99sb -water tip3p
</code></pre>
* Делаем небольшой отступ в ячейке от белка.
<pre><code class="bash">
gmx editconf -f p.gro -o p_ec -d 1.5
</code></pre>
* Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле.
<pre><code class="bash">
gmx grompp -f em -c p_ec -p -o p_em -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm dna_p -v
</code></pre>
*Отметье в отчёте изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Знаесите начальное и конечное значение максимальной силы.
* Добавим в ячейку молекулы воды
<pre><code class="bash">
gmx genbox -cp p_em -p -cs -o p_s
</code></pre>
* Нейтрализуем заряд системы. Это делаем в два шага: строим tpr и запускаем genion. В выводе grompp обратите внимание на информацию о заряде системы.
<pre><code class="bash">
gmx grompp -f em -p -c p_s -o p_s
gmx genion -s p_s -o p_si -p -neutral -conc 0.15
</code></pre>
* Проведём "утряску" воды:
<pre><code class="bash">
gmx grompp -f pr -c p_si -p -o p_pr -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm p_pr -v
</code></pre>
* Cравните визуально изменеия в системах p_pr.gro и p_si.gro . Занесите наблюдения в отчёт.
* Запускаем тестовое моделирование молекулярной динамики.
<pre><code class="bash">
gmx grompp -f md -c p_pr -p -o p_md -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm p_md -v -nsteps 1000000 -ntomp 4
</code></pre>
Просмотреть ход счёта можно в файле p_md.log
h.3 Метадинамика
* Попробуем странную штуку https://github.com/spiwokv/af2cv/tree/main
* Надо сделать две системы исходный белок и ваш дизайн, данные для стабилизированного белка я посчитаю сам
* Вероятно, что при утряске воды система будет взрываться, надо в em.mdp поменять integrator на steep. И потом:
<pre><code class="bash">
gmx grompp -f em -c p_si -p -o p_em2 -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm p_em2 -v
gmx grompp -f pr -c p_em2 -p -o p_pr -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm p_pr -v
</code></pre>
* Скопируйте себе библиотеку для этой "CV":https://gitlab.sirius-web.org/golovin/protein-design/-/raw/master/pracs/p5/AFDistProb.cpp?inline=false и файл "plumed.dat":https://gitlab.sirius-web.org/golovin/protein-design/-/raw/master/pracs/p5/plumed.dat
* В начале файла надо внести изменения измеенения в путь к библиотеке с CV
* Для дизайна надо догадаться докадаться как поменять номера атомов в двух местах: WHOLEMOLECULES и ATOMS=
* Запускаем
<pre><code class="bash">
gmx mdrun -deffnm p_md -ntomp 4 -v -plumed plumed.dat
</code></pre>