Edit History

Wiki »

Sirius2

Version 10 (Arthur Zalevsky, 13.12.2016 10:07)

1 1 Arthur Zalevsky 
h1. Задания
2 1 Arthur Zalevsky 





    3
    1
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 1





    4
    1
    Arthur Zalevsky
    





    5
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Лекция о структурной биоинформатике





    6
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Знакомство





    7
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Формулы химических веществ, IUPAC, SMILES





    8
    2
    Arthur Zalevsky
    
* Познакомтесь с "редактором":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html формул





    9
    1
    Arthur Zalevsky
    





    10
    1
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 2





    11
    1
    Arthur Zalevsky
    





    12
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Выберите несколько лекарств из "Перечня":http://government.ru/media/files/MzyV0Mmm2FoDAP7AWAAVLLpjoLoiShib.pdf жизненноважных препаратов и попробуйте:





    13
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Найти их описания





    14
    1
    Arthur Zalevsky
    
* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами





    15
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами





    16
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию





    17
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Попробуйте сохранить изображения ваших веществ





    18
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации





    19
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro





    20
    1
    Arthur Zalevsky
    
* А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее?





    21
    1
    Arthur Zalevsky
    





    22
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Введение в Докинг





    23
    1
    Arthur Zalevsky
    





    24
    1
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 3





    25
    1
    Arthur Zalevsky
    





    26
    3
    Arthur Zalevsky
    





    27
    3
    Arthur Zalevsky
    
* В банке "PDB":http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do найдите комплекс циклооксигеназы человека с одним из лигандов и скачайте его в формате PDB.





    28
    3
    Arthur Zalevsky
    
* Удалите из файла все лишее, кроме белка





    29
    3
    Arthur Zalevsky
    
* Посмотрите на ваш белок: 





    30
    3
    Arthur Zalevsky
    





    31
    3
    Arthur Zalevsky
    
<pre>pymol 3jut.pdb</pre>





    32
    3
    Arthur Zalevsky
    





    33
    3
    Arthur Zalevsky
    
* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html изобразите структуру лиганда и сгенерируйте для него SMILES запись





    34
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB





    35
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Найдите потенциальные мишени для аспирина и внесите их в "таблицу":http://goo.gl/rRqWzf





    36
    1
    Arthur Zalevsky
    





    37
    1
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    38
    3
    Arthur Zalevsky
    
genbox.py 3jut.pdb





    39
    1
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb





    40
    1
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb





    41
    1
    Arthur Zalevsky
    
vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt





    42
    1
    Arthur Zalevsky
    
pymol 3jut.pdb aspirin_out.pdbqt





    43
    1
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    44
    1
    Arthur Zalevsky
    





    45
    1
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 4 





    46
    1
    Arthur Zalevsky
    





    47
    5
    Arthur Zalevsky
    
* Выберите одну из структур в комлексе с соответствующим лекарством:





    48
    5
    Arthur Zalevsky
    





    49
    5
    Arthur Zalevsky
    
|_. PDB ID |_. Лекарство |_. Обозначение | 





    50
    5
    Arthur Zalevsky
    
| 5KIR | Vioxx | RCX |





    51
    5
    Arthur Zalevsky
    
| 5IKQ | Meclofenamic acid | JMS |





    52
    1
    Arthur Zalevsky
    
| 5IKR  | Mefenamic acid |  ID8 | 





    53
    1
    Arthur Zalevsky
    
| 5IKT | Tolfenamic acid | TLF | 





    54
    1
    Arthur Zalevsky
    
| 5IKV | Flufenamic acid | FLF | 





    55
    1
    Arthur Zalevsky
    





    56
    6
    Arthur Zalevsky
    
* Внимательно посмотрите на комплекс лекарства с белком. Подумайте, куда и какие заместители разумно вставить/убрать. 





    57
    6
    Arthur Zalevsky
    
* Создайте (2D -> SMILES -> 3D) структуру вашего варианта  лиганда





    58
    6
    Arthur Zalevsky
    
* Проведите с ней докинг (см. День 3)





    59
    6
    Arthur Zalevsky
    
* Получите структуру лучшего результата с лучшей энергией:





    60
    1
    Arthur Zalevsky
    





    61
    6
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    62
    6
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/process_VinaResult.py -r 2c4f.pdbqt -f aspirin_out.pdbqt





    63
    6
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/pdbqt_to_pdb.py -f aspirin_out_model1.pdbqt





    64
    6
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    65
    6
    Arthur Zalevsky
    





    66
    6
    Arthur Zalevsky
    
* Сравните исходную структуру с вашим результатом:





    67
    6
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    68
    7
    Arthur Zalevsky
    
pymol 3jut.pdb aspirin_out_model1.pdb





    69
    6
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    70
    6
    Arthur Zalevsky
    





    71
    6
    Arthur Zalevsky
    
* Получите изображение 





    72
    5
    Arthur Zalevsky
    
Самый простой вариант:





    73
    6
    Arthur Zalevsky
    





    74
    1
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    75
    1
    Arthur Zalevsky
    
as cartoon





    76
    1
    Arthur Zalevsky
    
show sticks residue JMS





    77
    1
    Arthur Zalevsky
    





    78
    1
    Arthur Zalevsky
    
set opaque_background, 0





    79
    1
    Arthur Zalevsky
    
ray





    80
    1
    Arthur Zalevsky
    
save pic.png





    81
    1
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    82
    1
    Arthur Zalevsky
    





    83
    6
    Arthur Zalevsky
    
* Дополнительне материалы:





    84
    6
    Arthur Zalevsky
    
 





    85
    6
    Arthur Zalevsky
    
 * Презентация про "PyMol":http://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/218/download





    86
    6
    Arthur Zalevsky
    
 * Примеры "графиков":https://plot.ly/python/





    87
    1
    Arthur Zalevsky
    





    88
    6
    Arthur Zalevsky
    
 * Программы для монтажа видео:





    89
    6
    Arthur Zalevsky
    
  





    90
    6
    Arthur Zalevsky
    
  * "OBS":https://obsproject.com/





    91
    6
    Arthur Zalevsky
    
  * "Openshot":https://obsproject.com/





    92
    8
    Arthur Zalevsky
    





    93
    9
    Arthur Zalevsky
    
h2. Результат 





    94
    9
    Arthur Zalevsky
    





    95
    10
    Arthur Zalevsky
    
{{video(http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/viz_team2.mp4)}}