Задания¶

День 1¶

• Лекция о структурной биоинформатике
• Знакомство
• Формулы химических веществ, IUPAC, SMILES
• Познакомтесь с редактором формул

День 2¶

• Выберите несколько лекарств из Перечня жизненноважных препаратов и попробуйте:
• Найти их описания
• В редакторе cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами
• Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами
• Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию
• Попробуйте сохранить изображения ваших веществ
• Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации
• Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro
• А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее?

• Введение в Докинг

День 3¶

• В банке PDB найдите комплекс циклооксигеназы человека с одним из лигандов и скачайте его в формате PDB.
• Удалите из файла все лишее, кроме белка
• Посмотрите на ваш белок:

pymol 3jut.pdb

• В редакторе изобразите структуру лиганда и сгенерируйте для него SMILES запись
• Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB
• Найдите потенциальные мишени для аспирина и внесите их в таблицу

genbox.py 3jut.pdb
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb
vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt
pymol 3jut.pdb aspirin_out.pdbqt

День 4¶

• Выберите одну из структур в комлексе с соответствующим лекарством:

PDB ID	Лекарство	Обозначение
5KIR	Vioxx	RCX
5IKQ	Meclofenamic acid	JMS
5IKR	Mefenamic acid	ID8
5IKT	Tolfenamic acid	TLF
5IKV	Flufenamic acid	FLF

• Внимательно посмотрите на комплекс лекарства с белком. Подумайте, куда и какие заместители разумно вставить/убрать.
• Создайте (2D -> SMILES -> 3D) структуру вашего варианта лиганда
• Проведите с ней докинг (см. День 3)
• Получите структуру лучшего результата с лучшей энергией:

python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/process_VinaResult.py -r 2c4f.pdbqt -f aspirin_out.pdbqt
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/pdbqt_to_pdb.py -f aspirin_out_model1.pdbqt

• Сравните исходную структуру с вашим результатом:
  

  pymol 3jut.pdb aspirin_out_model1.pdb
  

• Получите изображение
  Самый простой вариант:

as cartoon
show sticks residue JMS

set opaque_background, 0
ray
save pic.png

• Дополнительне материалы:
  • Презентация про PyMol
  • Примеры графиков
  • Программы для монтажа видео:
    • OBS
    • Openshot