Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Задания

h2. День 2

* Выберите несколько лекарств из "Перечня":http://government.ru/media/files/MzyV0Mmm2FoDAP7AWAAVLLpjoLoiShib.pdf жизненноважных препаратов и попробуйте:
* Найти их описания
* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами
* Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами
* Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию
* Попробуйте сохранить изображения ваших веществ
* Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации
* Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro
* А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее?

h2. День 3

* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html изобразите аспирин и сгенерируйте для него 2D структуру
* Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB
* Найдите потенциальные мишени для аспирина и внесите их в "таблицу":http://goo.gl/rRqWzf

<pre>
python /tmp/genbox.py 3jut.pdb
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb
vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt
pymol 3jut.pdb aspirin_out.pdbqt
</pre>

h2. День 4

Презентация про "PyMol":http://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/218/download
Примеры "графиков":https://plot.ly/python/