Sirius1
Version 2 (Arthur Zalevsky, 05.10.2016 14:01)
| 1 | 1 | Arthur Zalevsky | h1. Задания |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 3 | 2 | Arthur Zalevsky | h2. День 2 |
| 4 | 2 | Arthur Zalevsky | |
| 5 | 1 | Arthur Zalevsky | * Выберите несколько лекарств из "Перечня":http://government.ru/media/files/MzyV0Mmm2FoDAP7AWAAVLLpjoLoiShib.pdf жизненноважных препаратов и попробуйте: |
| 6 | 1 | Arthur Zalevsky | * Найти их описания |
| 7 | 1 | Arthur Zalevsky | * В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами |
| 8 | 1 | Arthur Zalevsky | * Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами |
| 9 | 1 | Arthur Zalevsky | * Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию |
| 10 | 1 | Arthur Zalevsky | * Попробуйте сохранить изображения ваших веществ |
| 11 | 1 | Arthur Zalevsky | * Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации |
| 12 | 1 | Arthur Zalevsky | * Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro |
| 13 | 1 | Arthur Zalevsky | * А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее? |
| 14 | 2 | Arthur Zalevsky | |
| 15 | 2 | Arthur Zalevsky | |
| 16 | 2 | Arthur Zalevsky | h2. День 3 |
| 17 | 2 | Arthur Zalevsky | |
| 18 | 2 | Arthur Zalevsky | * В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html изобразите аспирин и сгенерируйте для него 2D структуру |
| 19 | 2 | Arthur Zalevsky | * Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB |
| 20 | 2 | Arthur Zalevsky | |
| 21 | 2 | Arthur Zalevsky | |
| 22 | 2 | Arthur Zalevsky | <pre> |
| 23 | 2 | Arthur Zalevsky | python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor.py -r 3jut.pdb |
| 24 | 2 | Arthur Zalevsky | python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor.py -r aspirin.pdb |
| 25 | 2 | Arthur Zalevsky | </pre> |