ShadTask3

Version 2 (Andrey Golovin, 02.10.2013 00:03)

1 1 Andrey Golovin
2 1 Andrey Golovin
3 1 Andrey Golovin
h1. Моделирование вторичной структуры белка.
4 1 Andrey Golovin
5 1 Andrey Golovin
h3. Задание:
6 1 Andrey Golovin
7 1 Andrey Golovin
Суть задания состоит в описании вторичной структуры белка лизоцима исходя из его третичной структуры **1LMP** и сравнения с современными алгоритмами предсказывающими  вторичные структуры белков на основе информации о последовательности. 
8 1 Andrey Golovin
9 1 Andrey Golovin
Материалы и методы:
10 1 Andrey Golovin
11 1 Andrey Golovin
* Банк данных PDB, www.pdb.org.
12 1 Andrey Golovin
* Поиск в интернете, www.google.com.
13 1 Andrey Golovin
* Pymol, www.pymol.org
14 1 Andrey Golovin
* Расчёт вторичной структуры на основе третичной структуры, Stride, http://webclu.bio.wzw.tum.de/cgi-bin/stride/stridecgi.py
15 1 Andrey Golovin
* Предсказание алгоритмом GOR V, http://gor.bb.iastate.edu/
16 1 Andrey Golovin
* Предсказание алгоритмом Jpred, http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/.
17 1 Andrey Golovin
* Агрегатор алгоритмов NPSA,  http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_seccons.html
18 1 Andrey Golovin
19 1 Andrey Golovin
h3. Выполнение: 
20 1 Andrey Golovin
21 1 Andrey Golovin
1. Зайдите на сайт PDB, перейдите к записи 1LMP, скачайте структуру и последовательность.
22 1 Andrey Golovin
2. Для расчёта с помощью stride достаточно в форме запроса на сайте написать 1lmp.
23 1 Andrey Golovin
3. Предсказание с GOR V. Используйте последовательность лизоцима из  пункта 1. Вставтте из буфера обмена последовательность в форму «Paste a protein sequence below» 
24 1 Andrey Golovin
4. При предсказании с  Jpred тоже используйте последовательность белка из пункта 1.  Так как Jpred проверяет наличие последовательности в банке PDB, вам необходимо после уведомления продолжить предсказывание нажав кнопку continue. 
25 1 Andrey Golovin
5. Работа с агрегатором алгоритмов аналогично пунктам 5 и 4. 
26 2 Andrey Golovin
6. Компактно расположите предсказания под последовательностью и сделайте заключение об проблемных элементах для каждого алгоритма.