ShadTask3
Version 2 (Andrey Golovin, 02.10.2013 00:03)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | h1. Моделирование вторичной структуры белка. |
| 4 | 1 | Andrey Golovin | |
| 5 | 1 | Andrey Golovin | h3. Задание: |
| 6 | 1 | Andrey Golovin | |
| 7 | 1 | Andrey Golovin | Суть задания состоит в описании вторичной структуры белка лизоцима исходя из его третичной структуры **1LMP** и сравнения с современными алгоритмами предсказывающими вторичные структуры белков на основе информации о последовательности. |
| 8 | 1 | Andrey Golovin | |
| 9 | 1 | Andrey Golovin | Материалы и методы: |
| 10 | 1 | Andrey Golovin | |
| 11 | 1 | Andrey Golovin | * Банк данных PDB, www.pdb.org. |
| 12 | 1 | Andrey Golovin | * Поиск в интернете, www.google.com. |
| 13 | 1 | Andrey Golovin | * Pymol, www.pymol.org |
| 14 | 1 | Andrey Golovin | * Расчёт вторичной структуры на основе третичной структуры, Stride, http://webclu.bio.wzw.tum.de/cgi-bin/stride/stridecgi.py |
| 15 | 1 | Andrey Golovin | * Предсказание алгоритмом GOR V, http://gor.bb.iastate.edu/ |
| 16 | 1 | Andrey Golovin | * Предсказание алгоритмом Jpred, http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/. |
| 17 | 1 | Andrey Golovin | * Агрегатор алгоритмов NPSA, http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_seccons.html |
| 18 | 1 | Andrey Golovin | |
| 19 | 1 | Andrey Golovin | h3. Выполнение: |
| 20 | 1 | Andrey Golovin | |
| 21 | 1 | Andrey Golovin | 1. Зайдите на сайт PDB, перейдите к записи 1LMP, скачайте структуру и последовательность. |
| 22 | 1 | Andrey Golovin | 2. Для расчёта с помощью stride достаточно в форме запроса на сайте написать 1lmp. |
| 23 | 1 | Andrey Golovin | 3. Предсказание с GOR V. Используйте последовательность лизоцима из пункта 1. Вставтте из буфера обмена последовательность в форму «Paste a protein sequence below» |
| 24 | 1 | Andrey Golovin | 4. При предсказании с Jpred тоже используйте последовательность белка из пункта 1. Так как Jpred проверяет наличие последовательности в банке PDB, вам необходимо после уведомления продолжить предсказывание нажав кнопку continue. |
| 25 | 1 | Andrey Golovin | 5. Работа с агрегатором алгоритмов аналогично пунктам 5 и 4. |
| 26 | 2 | Andrey Golovin | 6. Компактно расположите предсказания под последовательностью и сделайте заключение об проблемных элементах для каждого алгоритма. |