Version 1/2 - Next » - Current version
Andrey Golovin, 30.04.2013 17:22


Моделирование вторичной структуры белка.

Задание:

Суть задания состоит в описании вторичной структуры белка лизоцима исходя из его третичной структуры 1LMP и сравнения с современными алгоритмами предсказывающими вторичные структуры белков на основе информации о последовательности.

Материалы и методы:

Выполнение:

1. Зайдите на сайт PDB, перейдите к записи 1LMP, скачайте структуру и последовательность.
2. Для расчёта с помощью stride достаточно в форме запроса на сайте написать 1lmp.
3. Предсказание с GOR V. Используйте последовательность лизоцима из пункта 1. Вставтте из буфера обмена последовательность в форму «Paste a protein sequence below»
4. При предсказании с Jpred тоже используйте последовательность белка из пункта 1. Так как Jpred проверяет наличие последовательности в банке PDB, вам необходимо после уведомления продолжить предсказывание нажав кнопку continue.
5. Работа с агрегатором алгоритмов аналогично пунктам 5 и 4.