Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Ломоносов

* В корне есть директория *_scratch* запус программ надо делать в этой директории.
* Интересные директории с предустановленными программам можно найти в */opt* Например:
<pre>
ls /opt
baqus Accelrys.old ccoe cuda-5.0 dislib install mellanox molpro2010.1 mpi nmon octo pathscale pdde pgi software toolworks VRTSpbx xcat
Accelrys acml5.3.0 cuda dimonta distribs intel modulefiles molpro2010.1.orig MS nvc old-opt pdag pdshared pgi-backup.tgz Symantec VASP wien2k
</pre>
<pre>
ls /opt/software
DL_POLY FF8 FlowVision ga-5-1 Gromacs netCDF OpenFOAM openfoam-2.1 OpenFOAM-2.1 OpenFOAM-2.1.1-impi41 openfoam-2.2 OpenFOAM-2.2 TURBOMOLE wrapper
</pre>



h3. Сборка Gromacs:

** Надо зайти на <pre>ssh compiler</pre>
** Задать параметры компилятора и mpi
<pre>
└─> module load
dot impi/4.0.3 mkl/4.0.2.146 module-info null openmpi/1.5.5-pgi use.own
ekopath/4.0.11 impi/4.1.0-32bit module-cvs modules openmpi/1.5.5-icc pgi/12.9

└─> module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) impi/4.1.0 2) intel/13.1.0 3) cuda/5.0.35
</pre>
** Скачать и распаковать Gromacs
** Конфигурация и компиляция
<pre>
mkdir build
cd build
cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/users/golovin/progs/gmx-4.6.1-mpi -DGMX_X11=OFF -DGMX_MPI=OFF -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -GMX_BINARY_SUFFIX=_plu -DGMX_LIBS_SUFFIX=_plumed -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=OFF
make
make install
make clean
cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/users/golovin/progs/gmx-4.6.1-mpi -DGMX_X11=OFF -DGMX_MPI=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -GMX_BINARY_SUFFIX=_plu -DGMX_LIBS_SUFFIX=_plumed -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON
make mdrun
make install-mdrun
</pre>
** Надо выйти из среды compiler <pre>exit</pre>
** Добавить исполняймы файлы в путь
<pre>
export PATH=${PATH}:/home/users/golovin/progs/gmx-4.6.1-mpi
</pre>
** И тут нечто странное, надо скопировать <pre>cp -r ~/progs ~/_scratch</pre>

* Вот оно и должно работать
<pre>
sbatch -n 32 -e md.out -t 2400 impi /home/users/golovin/progs/gmx-4.6.3-impi-gpu/bin/mdrun_gpu -deffnm tro_md -cpi tro_md -noappend -v
</pre>

* Новое для сборки gromacs 5.0.4 c plumed gpu impi, основная новость, то что собрать c intel compiler не получится в принципе. Cmake установленый в системе стар как гумно мамонта, собрал свой в ~/progs/bin/cmake. Он неправильно определяет кой чего в системе, поэтому надо править :
<pre>
1374c1423
< HAVE__ALIGNED_MALLOC:INTERNAL=
---
> HAVE__ALIGNED_MALLOC:INTERNAL=1

1511,1513c1560,1562
< _finite_compile_ok:INTERNAL=
< //Result of isfinite check
< isfinite_compile_ok:INTERNAL=
---
> _finite_compile_ok:INTERNAL=1
> //Result of _isfinite check
> _isfinite_compile_ok:INTERNAL=1
</pre>

h3. Сборка СPMD

** Важный кусок Makefile

<pre>
SRC = .
DEST = .
BIN = .
FFLAGS = -i-static -O2
LFLAGS = -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -Wl,--start-group \
-lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -Wl,--end-group \
-lm -lpthread -liomp5
CFLAGS = -D__alpha
CPP = /lib/cpp -P -C -traditional
CPPFLAGS = -D__alpha -DPOINTER8 -DFFT_DEFAULT -DALPHALINUX -D__HPC \
-DMYRINET -DPARALLEL=parallel -DLINUX_IA64_INTEL -DINTEL_MKL
NOOPT_FLAG =
CC = mpicc -c -O
FC = mpif90 -c
LD = mpif90
AR = /usr/bin/ar -r
</pre>

h3. Мои практикумы и лекции:

* Курсы
http://vsb.fbb.msu.ru/redmine/projects/edu/wiki

* Практикум для ФББ
https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2010/6/Modelling