« Previous - Version 4/12 (diff) - Next » - Current version
Andrey Golovin, 15.11.2013 17:13


Ломоносов

  • В корне есть директория _scratch запус программ надо делать в этой директории.
  • Интересные директории с предустановленными программам можно найти в /opt Например:
    ls /opt
    baqus    Accelrys.old  ccoe  cuda-5.0  dislib    install  mellanox     molpro2010.1       mpi  nmon  octo     pathscale  pdde      pgi             software  toolworks  VRTSpbx  xcat
    Accelrys  acml5.3.0     cuda  dimonta   distribs  intel    modulefiles  molpro2010.1.orig  MS   nvc   old-opt  pdag       pdshared  pgi-backup.tgz  Symantec  VASP       wien2k
    

    ls /opt/software
    DL_POLY  FF8  FlowVision  ga-5-1  Gromacs  netCDF  OpenFOAM  openfoam-2.1  OpenFOAM-2.1  OpenFOAM-2.1.1-impi41  openfoam-2.2  OpenFOAM-2.2  TURBOMOLE  wrapper
    

Сборка Gromacs:

  • Надо зайти на
    ssh compiler
  • Задать параметры компилятора и mpi
    └─> module load 
    dot                impi/4.0.3         mkl/4.0.2.146      module-info        null               openmpi/1.5.5-pgi  use.own            
    ekopath/4.0.11     impi/4.1.0-32bit   module-cvs         modules            openmpi/1.5.5-icc  pgi/12.9           
    
    └─> module list 
    Currently Loaded Modulefiles:
      1) impi/4.1.0          2) intel/13.1.0        3) cuda/5.0.35       
    
  • Скачать и распаковать Gromacs
  • Конфигурация и компиляция
    mkdir build 
    cd build
    cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/users/golovin/progs/gmx-4.6.1-mpi -DGMX_X11=OFF -DGMX_MPI=OFF -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -GMX_BINARY_SUFFIX=_plu -DGMX_LIBS_SUFFIX=_plumed -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=OFF
    make
    make install
    make clean
    cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/users/golovin/progs/gmx-4.6.1-mpi -DGMX_X11=OFF -DGMX_MPI=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -GMX_BINARY_SUFFIX=_plu -DGMX_LIBS_SUFFIX=_plumed -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON
    make mdrun
    make install-mdrun
    
  • Надо выйти из среды compiler
    exit
  • Добавить исполняймы файлы в путь
     
    export PATH=${PATH}:/home/users/golovin/progs/gmx-4.6.1-mpi
    
  • И тут нечто странное, надо скопировать
    cp -r ~/progs ~/_scratch
  • Вот оно и должно работать
    sbatch -n 32 -e md.out -t 2400 impi /home/users/golovin/progs/gmx-4.6.3-impi-gpu/bin/mdrun_gpu -deffnm tro_md -cpi tro_md -noappend -v
    

Сборка СPMD

  • Важный кусок Makefile
SRC  = .
DEST = .
BIN  = .
FFLAGS = -i-static -O2  
LFLAGS = -L/opt/intel/mkl/lib/intel64  -Wl,--start-group \
             -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -Wl,--end-group \
             -lm -lpthread  -liomp5
CFLAGS = -D__alpha
CPP = /lib/cpp -P -C -traditional
CPPFLAGS = -D__alpha -DPOINTER8 -DFFT_DEFAULT -DALPHALINUX -D__HPC \
         -DMYRINET -DPARALLEL=parallel -DLINUX_IA64_INTEL -DINTEL_MKL  
NOOPT_FLAG = 
CC = mpicc -c -O
FC = mpif90 -c
LD = mpif90
AR = /usr/bin/ar -r

Мои практикумы и лекции: