Lom
Version 1 (Andrey Golovin, 15.11.2013 16:46) → Version 2/12 (Andrey Golovin, 15.11.2013 16:49)
h1. Ломоносов
* В корне есть директория *_scratch* запус программ надо делать в этой директории.
* Интересные директории с предустановленными программам можно найти в */opt* Например:
<pre>
ls /opt
baqus Accelrys.old ccoe cuda-5.0 dislib install mellanox molpro2010.1 mpi nmon octo pathscale pdde pgi software toolworks VRTSpbx xcat
Accelrys acml5.3.0 cuda dimonta distribs intel modulefiles molpro2010.1.orig MS nvc old-opt pdag pdshared pgi-backup.tgz Symantec VASP wien2k
</pre>
<pre>
ls /opt/software
DL_POLY FF8 FlowVision ga-5-1 Gromacs netCDF OpenFOAM openfoam-2.1 OpenFOAM-2.1 OpenFOAM-2.1.1-impi41 openfoam-2.2 OpenFOAM-2.2 TURBOMOLE wrapper
</pre>
* Сборка Gromacs:
** Надо зайти на <pre><ssh compiler/pre>
** Задать параметры компилятора и mpi
<pre>
└─> module load
dot impi/4.0.3 mkl/4.0.2.146 module-info null openmpi/1.5.5-pgi use.own
ekopath/4.0.11 impi/4.1.0-32bit module-cvs modules openmpi/1.5.5-icc pgi/12.9
└─> module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) impi/4.1.0 2) intel/13.1.0 3) cuda/5.0.35
</pre>
** Скачать и распаковать Gromacs
** Конфигурация и компиляция
<pre>
mkdir build
cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/users/golovin/progs/gmx-4.6.1-mpi-plumed -DGMX_X11=OFF -DGMX_MPI=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -GMX_BINARY_SUFFIX=_plu -DGMX_LIBS_SUFFIX=_plumed -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON
make mdrun
make install-mdrun
</pre>
* В корне есть директория *_scratch* запус программ надо делать в этой директории.
* Интересные директории с предустановленными программам можно найти в */opt* Например:
<pre>
ls /opt
baqus Accelrys.old ccoe cuda-5.0 dislib install mellanox molpro2010.1 mpi nmon octo pathscale pdde pgi software toolworks VRTSpbx xcat
Accelrys acml5.3.0 cuda dimonta distribs intel modulefiles molpro2010.1.orig MS nvc old-opt pdag pdshared pgi-backup.tgz Symantec VASP wien2k
</pre>
<pre>
ls /opt/software
DL_POLY FF8 FlowVision ga-5-1 Gromacs netCDF OpenFOAM openfoam-2.1 OpenFOAM-2.1 OpenFOAM-2.1.1-impi41 openfoam-2.2 OpenFOAM-2.2 TURBOMOLE wrapper
</pre>
* Сборка Gromacs:
** Надо зайти на <pre><ssh compiler/pre>
** Задать параметры компилятора и mpi
<pre>
└─> module load
dot impi/4.0.3 mkl/4.0.2.146 module-info null openmpi/1.5.5-pgi use.own
ekopath/4.0.11 impi/4.1.0-32bit module-cvs modules openmpi/1.5.5-icc pgi/12.9
└─> module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) impi/4.1.0 2) intel/13.1.0 3) cuda/5.0.35
</pre>
** Скачать и распаковать Gromacs
** Конфигурация и компиляция
<pre>
mkdir build
cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/users/golovin/progs/gmx-4.6.1-mpi-plumed -DGMX_X11=OFF -DGMX_MPI=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -GMX_BINARY_SUFFIX=_plu -DGMX_LIBS_SUFFIX=_plumed -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON
make mdrun
make install-mdrun
</pre>