Ломоносов¶

• В корне есть директория _scratch запус программ надо делать в этой директории.
• Интересные директории с предустановленными программам можно найти в /opt Например:

ls /opt
baqus    Accelrys.old  ccoe  cuda-5.0  dislib    install  mellanox     molpro2010.1       mpi  nmon  octo     pathscale  pdde      pgi             software  toolworks  VRTSpbx  xcat
Accelrys  acml5.3.0     cuda  dimonta   distribs  intel    modulefiles  molpro2010.1.orig  MS   nvc   old-opt  pdag       pdshared  pgi-backup.tgz  Symantec  VASP       wien2k

ls /opt/software
DL_POLY  FF8  FlowVision  ga-5-1  Gromacs  netCDF  OpenFOAM  openfoam-2.1  OpenFOAM-2.1  OpenFOAM-2.1.1-impi41  openfoam-2.2  OpenFOAM-2.2  TURBOMOLE  wrapper

• Сборка Gromacs:
  • Надо зайти на

    <ssh compiler/pre>
    ** Задать параметры компилятора и mpi 
    
    <pre>
    └─> module load 
    dot                impi/4.0.3         mkl/4.0.2.146      module-info        null               openmpi/1.5.5-pgi  use.own            
    ekopath/4.0.11     impi/4.1.0-32bit   module-cvs         modules            openmpi/1.5.5-icc  pgi/12.9           
    
    └─> module list 
    Currently Loaded Modulefiles:
      1) impi/4.1.0          2) intel/13.1.0        3) cuda/5.0.35       
    </pre>
    
    ** Скачать и распаковать Gromacs
    ** Конфигурация и компиляция
    
    <pre>
    mkdir build 
    cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/users/golovin/progs/gmx-4.6.1-mpi-plumed -DGMX_X11=OFF -DGMX_MPI=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -GMX_BINARY_SUFFIX=_plu -DGMX_LIBS_SUFFIX=_plumed -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON
    make mdrun
    make install-mdrun
    </pre>
    
    {{fnlist}}