Edit History

Wiki »

Lom

Version 2 (Andrey Golovin, 15.11.2013 16:49)

1 1 Andrey Golovin 
h1. Ломоносов
2 1 Andrey Golovin 





    3
    1
    Andrey Golovin
    
* В корне есть директория *_scratch* запус программ надо делать в этой директории.





    4
    1
    Andrey Golovin
    
* Интересные директории с предустановленными программам можно найти в */opt* Например:





    5
    1
    Andrey Golovin
    





    6
    1
    Andrey Golovin
    
<pre>





    7
    1
    Andrey Golovin
    
ls /opt





    8
    1
    Andrey Golovin
    
baqus    Accelrys.old  ccoe  cuda-5.0  dislib    install  mellanox     molpro2010.1       mpi  nmon  octo     pathscale  pdde      pgi             software  toolworks  VRTSpbx  xcat





    9
    1
    Andrey Golovin
    
Accelrys  acml5.3.0     cuda  dimonta   distribs  intel    modulefiles  molpro2010.1.orig  MS   nvc   old-opt  pdag       pdshared  pgi-backup.tgz  Symantec  VASP       wien2k





    10
    1
    Andrey Golovin
    
</pre>





    11
    1
    Andrey Golovin
    





    12
    1
    Andrey Golovin
    
<pre>





    13
    1
    Andrey Golovin
    
ls /opt/software





    14
    1
    Andrey Golovin
    
DL_POLY  FF8  FlowVision  ga-5-1  Gromacs  netCDF  OpenFOAM  openfoam-2.1  OpenFOAM-2.1  OpenFOAM-2.1.1-impi41  openfoam-2.2  OpenFOAM-2.2  TURBOMOLE  wrapper





    15
    1
    Andrey Golovin
    
</pre>





    16
    1
    Andrey Golovin
    





    17
    1
    Andrey Golovin
    
* Сборка Gromacs:





    18
    1
    Andrey Golovin
    
** Надо зайти на <pre><ssh compiler/pre>





    19
    1
    Andrey Golovin
    
** Задать параметры компилятора и mpi 





    20
    2
    Andrey Golovin
    





    21
    1
    Andrey Golovin
    
<pre>





    22
    1
    Andrey Golovin
    
└─> module load 





    23
    1
    Andrey Golovin
    
dot                impi/4.0.3         mkl/4.0.2.146      module-info        null               openmpi/1.5.5-pgi  use.own            





    24
    1
    Andrey Golovin
    
ekopath/4.0.11     impi/4.1.0-32bit   module-cvs         modules            openmpi/1.5.5-icc  pgi/12.9           





    25
    1
    Andrey Golovin
    





    26
    1
    Andrey Golovin
    
└─> module list 





    27
    1
    Andrey Golovin
    
Currently Loaded Modulefiles:





    28
    1
    Andrey Golovin
    
  1) impi/4.1.0          2) intel/13.1.0        3) cuda/5.0.35       





    29
    2
    Andrey Golovin
    
</pre>





    30
    2
    Andrey Golovin
    





    31
    2
    Andrey Golovin
    
** Скачать и распаковать Gromacs





    32
    2
    Andrey Golovin
    
** Конфигурация и компиляция





    33
    2
    Andrey Golovin
    





    34
    2
    Andrey Golovin
    
<pre>





    35
    2
    Andrey Golovin
    
mkdir build 





    36
    2
    Andrey Golovin
    
cmake28 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/users/golovin/progs/gmx-4.6.1-mpi-plumed -DGMX_X11=OFF -DGMX_MPI=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -GMX_BINARY_SUFFIX=_plu -DGMX_LIBS_SUFFIX=_plumed -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON





    37
    2
    Andrey Golovin
    
make mdrun





    38
    2
    Andrey Golovin
    
make install-mdrun





    39
    1
    Andrey Golovin
    
</pre>