Project #410
Updated by Alexander Zlobin almost 4 years ago
Тикет верхнего уровня для структурирования работ по А17.
Направления улучшений:
1) Улучшение 1й стадии
2) Создание 2й стадии
Целим на 2 направление, однако для него нужно обеспечить
а) Репротонирование тирозина
б) Активация воды
Задача а) может быть достигнута либо путем наличия донора, который ждет своего часа весь акт реакции в нужной геометрии (сомнительно), либо этот донор является акцептором протона с тирозина на первой стадии (рабочий подход).
Таким ацептором может быть аспартат или глутамат (как в реальных тирозин-киназах и фосфатазах), или гистидин (экспериментальная ветка, в природе такого нет).
Вероятнее всего, внесение активатора позволит достичь небольшого улучшения 1 стадии реакции, что т.о. является прецедентом для статьи самой по себе.
Литература:
1. https://chemrxiv.org/articles/preprint/Loop_Dynamics_and_Enzyme_Catalysis_in_Protein_Tyrosine_Phosphatases/13217432?file=26356045
Реакция, обратная нашей первой стадии, в тирозин-фосфатазах. Интересна fig.9
Направления улучшений:
1) Улучшение 1й стадии
2) Создание 2й стадии
Целим на 2 направление, однако для него нужно обеспечить
а) Репротонирование тирозина
б) Активация воды
Задача а) может быть достигнута либо путем наличия донора, который ждет своего часа весь акт реакции в нужной геометрии (сомнительно), либо этот донор является акцептором протона с тирозина на первой стадии (рабочий подход).
Таким ацептором может быть аспартат или глутамат (как в реальных тирозин-киназах и фосфатазах), или гистидин (экспериментальная ветка, в природе такого нет).
Вероятнее всего, внесение активатора позволит достичь небольшого улучшения 1 стадии реакции, что т.о. является прецедентом для статьи самой по себе.
Литература:
1. https://chemrxiv.org/articles/preprint/Loop_Dynamics_and_Enzyme_Catalysis_in_Protein_Tyrosine_Phosphatases/13217432?file=26356045
Реакция, обратная нашей первой стадии, в тирозин-фосфатазах. Интересна fig.9