Activity

From 11.09.2021 to 10.10.2021

23:05 Плазмин Production #448: Стартовые системы: /home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_sk/plasmin_sk_2/npt.gro
/home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_sk/plasmin_sk_... Egor Ilin

15:09 Фосфоглицерат мутаза Production #450 (In Progress): Стартовые системы: Такс
Во-первых, поле 03 очень древнее - на это намекает цифра 03, то бишь 2003 год. Что брать - ff19sb. Как это де... Alexander Zlobin
04:03 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: За основу фермента взяла белок из 3EZN буркходелии, очистила его от воды и гликолей.
Хотела бахнуть pdb2gmx (поле am... Anastasia Rachkova
03:03 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Сделаны параметры для субстратов - обоих стереоизомеров. Далее нужно
1) сделать системы комплексов
2) сделать мини... Anastasia Rachkova

13:37 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Рекомендации по запуску
Запускать на xwing или gpu
Если на gpu, смотреть через nvidia-smi, какая gpu сейчас свобо... Alexander Zlobin

01:32 Плазмин Production #448: Стартовые системы: /home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_sk/plasmin_sk_2/pls_sk_out.gro
Путь к комплексу плазминоген и стрептокиназы. ... Egor Ilin

13:13 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Решено пока оставить Bespoke-fit в покое и сделать все с помощью GAFF. Anastasia Rachkova

18:09 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Прикрепляю архив и опись некоторых статей в списке. Последняя из описанных рассматривает 1BML, смотрели на поведение ... Egor Ilin

10:05 Фосфоглицерат мутаза Production #450: Стартовые системы: Сравнить по литературным данным тулы для генерации параметров для малых молекул и выбрать тот, что больше подходит. Anastasia Rachkova

01:09 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: Есть совсем древненькая статья (Meyerhof, O., and Kiessling, W., Biochem. Z., 276, 239; 280,99 (1935)), утв... Anastasia Rachkova
00:57 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: Чудо случилось! В одной прекрасной статье, описывающей механизм реакции на 1981 год ( Structure and activity of phosp... Anastasia Rachkova

18:55 Плазмин Production #448: Стартовые системы: По поводу ионов - ну, конечно depends. Если мы подозреваем, что конформация белка может меняться от ионной силы раств... Alexander Zlobin
11:14 Плазмин Production #448: Стартовые системы: Делаю плазминоген. Нашел структуры 4duu, разрешение паршивое, но что есть. Там есть вопрос про остатки в области 255/... Egor Ilin

14:15 Плазмин Production #448: Стартовые системы: /home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_solv_ions готовый файл плазмина. Во время добавления ионов я взял параметр neu... Egor Ilin

09:56 Фосфоглицерат мутаза Production #450 (In Progress): Стартовые системы: Подготовить стартовую систему комплекса PGM c двумя вариантами субстратов. Под стартовой системой подразумевается зал... Alexander Zlobin
09:47 Фосфоглицерат мутаза Study #435: Подготовка к работе: В этом таске все же стоит попытаться найти хоть что-то про стереоселективность. Это могут быть очень древние статьи, ... Alexander Zlobin

Also available in: Atom