Activity

From 06.04.2021 to 05.05.2021

17:41 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Итак, что-то явно происходит особенное с параоксоном - ДФП работает отлично, реакция проходит шикарно.
Параллельн... Alexander Zlobin

20:21 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP: h3. Шаги работы для получения зарядов
1. Структуры AMP-PNP, AMP-PNP-h, и двух хвостов нарисовать в авогадро. Присв... Alexander Zlobin
14:28 Киназы антибиотикорезистентности Production #395: Параметризация AMP-PNP: Нужно дополнительное напоминание о процедуре запуска *RESP* (ранее этого не делала) на одном примере.
Также нужны... July Belyaeva
14:56 Киназы антибиотикорезистентности Exploration #406 (In Progress): Отбор систем-кандидатов (предреакционное состояние): Была написана функция, которая обрабатывает pdb-файлы посчитанных 60 систем и считает для них ряд геометрических пара... July Belyaeva

14:12 Киназы антибиотикорезистентности Production #397 (Resolved): Подготовка систем: Аккуратно и, по возможности, автоматизированно собрать системы.
Металлы:
* Mg
* MgLi
* MgMg
Фосфат:
* AMP... Alexander Zlobin
14:09 Киназы антибиотикорезистентности Production #396 (New): Динамики с ANP-PNP: Нужно подготовить системы и прогнать динамики с ANP-PNP и его протонированными вариантами. Alexander Zlobin
14:06 Киназы антибиотикорезистентности Production #395 (Resolved): Параметризация AMP-PNP: Есть основания полагать, что никакой из 60 паттернов протонирования/металлирования активного центра не может быть пох... Alexander Zlobin

11:33 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Саша, на всякий случай укажите директорию где вы это делаете. Для горизонтальной передачи знаний. Andrey Golovin

18:52 A17 Exploration #390 (In Progress): Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Alexander Zlobin

17:10 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Note: формально это не часть проекта РНФ-абзим, это часть РФФИ-Сириус. Однако статейно конечно в любом случае подходи... Alexander Zlobin
17:04 A17 Exploration #390: Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: Лог от 30.04.2021. АЗло
Какие варианты были проработаны:
1. Отличие GMX-DFTB от GMX-DFTB+
1 ходок в GMX-DFTB п... Alexander Zlobin
16:33 A17 Exploration #390 (Closed): Проблема с SCC в Gromacs-DFTB+ на реакции с параоксоном: GMX-DFTB+ не может стабильно считать реакцию с параоксоном в системе тирозин-глутамат. Задача этого проекта - максима... Andrey Golovin

Also available in: Atom