Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы » Структурная биоинформатика в ВШЭ

h1. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

h3. Традиционные ссылки на полезные ресурсы:

* Уроки по работе с Modeller [[http://salilab.org/modeller/tutorial/|находятся здесь]].


Цель данного занятия ознакомится с возможностями гомологичного моделирования комплекса белка с лигандом. В этом занятии мы будем пользоваться пакетом Modeller. Это программное обеспечение распространяется бесплатно для академических пользователей.

<<BR>>
Вы будете работать с любым белком лизоцимом из Uniprot. Используя известную структуру лизоцима форели как образец, Вам необходимо построить модель комплекса Вашего белка с лигандом.


# Загрузим модуль


<pre><code class="python">
import sys
import modeller
import _modeller
import modeller.automodel
</code></pre>

# Зададим некторые параметры


<pre><code class="python">
env=modeller.environ()
env.io.hetatm=True
</code></pre>

# Скачаем белок заготовку


<pre><code class="python">
! wget http://www.pdb.org/pdb/files/1lmp.pdb
</code></pre>
и последовательность

<pre><code class="python">
! wget http://www.uniprot.org/uniprot/PXXXX.fasta
</code></pre>

# Создадим объект выравнивание:


<pre><code class="python">
alignm=modeller.alignment(env)
</code></pre>

и добавим последовательность и структуру


<pre><code class="python">
alignm.append(file='PXXX.fasta', align_codes='all',alignment_format='FASTA')
## создадим модель
mdl = modeller.model(env, file='ХХХХ.pdb', model_segment=('FIRST:'+'A', 'LAST:'+'A'))
## и добавим в выравнивание
alignm.append_model(mdl, atom_files='ХХХ.pdb', align_codes='1lmp')
## есть смысл поправить идентификаторы
alignm[0].code = '.....'
</code></pre>

# Делаем выравнивание и сохраняем:


<pre><code class="python">
alignm.salign()
alignm.write(file='all_in_one.ali', alignment_format='PIR')
</code></pre>

# Посмотрите содержимое all_in_one.ali, там всё хорошо?

# Построим модель:


<pre><code class="python">
## Выбираем объект для моделирования
s = alignm[0]
pdb = alignm[1]

print s.code, pdb.code

## Создаем объект automodel
a = modeller.automodel.automodel(env, alnfile='all_in_one.ali', knowns= pdb.co...... , sequence = s.code )

a.name='mod'+s.code
a.starting_model = 1
a.ending_model = 2
a.make()
</code></pre>

# Надо посмотреть результат:
<pre><code class="python">
import nglview
import ipywidgets
w1 = nglview.show_structure_file('.....B99990001.pdb')
w1
</code></pre>

-----
А ГДЕ ЛИГАНД??
-----
# Оказывается надо добавить три остатка лиганда к последовательности

Подсказки как сделать:
<pre><code class="python">
## Получить список остаков
alignm[n].residues
## Добавить в объект выравнивание последовательность из строки
alignm.append_sequence(....
</code></pre>

# (Дополнительно) Поместите лиганд в другое место, переназначив объект automodel, это очень примерный код:
<pre><code class="python">
class mymodel(modeller.automodel.automodel):
def special_restraints(self, aln):
rsr = self.restraints
at = self.atoms
for x,y in [('CG:83','O6:228')]:
rsr.add(modeller.forms.gaussian(group=modeller.physical.xy_distance,
feature=modeller.features.distance(
at[x],at[y]),mean=3.0, stdev=0.1))

from modeller import *
from modeller.automodel import *
a = mymodel(env, ...
</code></pre>

и да подсказка: надо удалить рестрейны которые генерируются автоматически: ( можно через файл рестрейнов)
<pre>
43 atoms in HETATM/BLK residues constrained
to protein atoms within 2.30 angstroms
and protein CA atoms within 10.00 angstroms
</pre>

# Доп. Найдите способ искать мутации для улучшения связывания по мотивам этого скрипта https://salilab.org/modeller/wiki/Mutate%20model