Overview

Структурная биоинформатика в ВШЭ

Андрей Головин, д.х.н., доцент факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail:

Почта для заданий:

Результаты работ.

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1DMdCurR4IU4bWxoQx4VAXYj4vnaaXu08IJ-FSuoA-rk/edit?usp=sharing

Программа курса «Структурная биоинформатика».

  1. Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
  2. PyMol, инструмент визуализации структур.
  3. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика
  • Предсказание и определение вторичной структуры белка.
  • Молекулярная механика. Силовые поля.
  • Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
  • Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
  • Молекулярная динамика.
  • Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
  • Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
  • Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
  • Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Презентации к лекциям

Лекция 1. Строение белков. Структура и организация. Презентация

Лекция 2. Моделирование. PyMol как среда визуализации и редактирования 3D структур. Презентация

Лекция 3. Поиск новых биоактивных молекул и хемоинформатика.Презентация

Лекции 4-5. Квантовая химия. Молекулярная механика. Силовые поля. Презентация

Лекция 6. Модификации молекулярной динамики. Методы Монте-Карло. Презентация

Лекция 7. Моделирование структуры белков. Презентация

Лекция 8. Свойства лигандов. Построение лигандов. QSAR. Докинг. Презентация

Домашние задания

Как выставляется итоговая оценка по курсу.

Достаточно сдать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Рекомендованная литература

Issue tracking

View all issues

Members

Head: Andrey Golovin
Students: Student HSE

Latest news

shadbox nglview
nglview работает на shadbox
Added by Andrey Golovin 29 days ago

Задание 5
Добавил задание 5
Added by Andrey Golovin about 1 month ago

cube file
Добавил работающий cube file на страничку с заданием
Added by Andrey Golovin about 1 month ago

View all news