Структурная Биоинформатика в школе Биоинформатики

Андрей Головин, д.х.н., доцент факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail:

Почта для заданий:

Результаты работ.

их ещё нет

Программа курса «Структурная биоинформатика».

  1. Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
  2. PyMol, инструмент визуализации структур.
  3. Предсказание и определение вторичной структуры белка.
  4. Молекулярная механика. Силовые поля.
  5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
  6. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
  7. Молекулярная динамика.
  8. Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
  9. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
  10. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
  11. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Презентации к лекциям

Лекция 1. Строение белков. Структура и организация. Презентация

Лекция 2. PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. Презентация

Лекция 3. Предсказание вторичной структуры белка.Презентация

Лекция 4. Молекулярная механика. Силовые поля. Презентация

Лекция 5. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. Презентация

Лекция 6. Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. Презентация

Лекция 7. Молекулярная динамика.Презентация

Лекция 8. Моделирование самосборки белка.Презентация

Лекция 9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.Презентация

Лекция 10. Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.Презентация

Лекция 11. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.Презентация

Лекция 12. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.Презентация / Статья про ZDOCK

Домашние задания

Как выставляется итоговая оценка по курсу.

Достаточно сдать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Рекомендованная литература