Beamer

Version 10 (Andrey Golovin, 03.10.2013 02:03)

1 1 Andrey Golovin
h1. Приёмы создания илюстраций в LATEX
2 1 Andrey Golovin
3 1 Andrey Golovin
4 1 Andrey Golovin
> > Файлы и листинги которые я размещаю не идеальны, это рабочие файлы, которые делались часто на скорость.
5 1 Andrey Golovin
6 8 Andrey Golovin
h2. Преамбула
7 1 Andrey Golovin
8 1 Andrey Golovin
В большинстве случаев я использую некий шаблон постоянного содержания откуда указывается путь к файлу с содержимым. Если надо задать некоторые функции я их  выношу в отдельный файл, как впрочем настройки стилей, так и пакеты для использования.
9 1 Andrey Golovin
10 2 Andrey Golovin
* Основной файл: attachment:prez.tex
11 2 Andrey Golovin
* Функции: attachment:functions.tex
12 2 Andrey Golovin
* Подключаемые пакеты: attachment:packages.tex
13 2 Andrey Golovin
* Настроки стилей: attachment:header.sty 
14 2 Andrey Golovin
* Пример файла с содержимым: attachment:cont.tex
15 4 Andrey Golovin
* Все растровые картинки располагаются в директории *./fig*
16 4 Andrey Golovin
* Файлы для графиков располагаются в директории *./plot*
17 3 Andrey Golovin
18 3 Andrey Golovin
Для сборки всего в один pdf файл используется:
19 1 Andrey Golovin
<code>
20 4 Andrey Golovin
lualatex --shell-escape prez.tex
21 1 Andrey Golovin
</code>
22 4 Andrey Golovin
23 4 Andrey Golovin
h2. Примеры
24 4 Andrey Golovin
25 5 Andrey Golovin
h3. Химические формулы (chemfig):
26 5 Andrey Golovin
27 5 Andrey Golovin
Номера атомов располагались с помощью невидимых  связей
28 5 Andrey Golovin
29 5 Andrey Golovin
|_.Код      |_. Результат   |
30 5 Andrey Golovin
|<pre><code>
31 5 Andrey Golovin
\begin{frame}{Основания}
32 5 Andrey Golovin
    \setatomsep{1.6em}%
33 5 Andrey Golovin
      \footnotesize \begin{tabular}{c c c c}
34 6 Andrey Golovin
          \chemfig{*6((-[5,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)=N(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}3)-
35 6 Andrey Golovin
             (-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)*6(
36 6 Andrey Golovin
            -\chembelow{N}{H}(-[6,1.0,,,draw=none]\color{blue}9)-
37 6 Andrey Golovin
              (-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}8)=N?(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}7))
38 6 Andrey Golovin
              =?(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)-(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)
39 6 Andrey Golovin
              =N(-[3,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)-[,,1])} &
40 5 Andrey Golovin
41 1 Andrey Golovin
            \chemfig{*6((-[:-130]H_2N)=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(=[2]O)-HN-[,,2])}&
42 1 Andrey Golovin
            \chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(-[2]NH_2)=N-[,,1])}&~\\[1.0cm]-HN-[,,2])}&
43 1 Andrey Golovin
            \chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(-[2]NH_2)=N-[,,1])}&~\\[1.0cm]
44 1 Andrey Golovin
            Пурин&Гуанин&Аденин& \\[.2cm]
45 5 Andrey Golovin
             \hline\\[.2cm]
46 6 Andrey Golovin
             \chemfig{*6((-[5,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)=N(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)
47 6 Andrey Golovin
             -(-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)
48 6 Andrey Golovin
             =(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)-(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)=N(
49 6 Andrey Golovin
             -[3,0.6,,,draw=none]\color{blue}3)-)} &
50 5 Andrey Golovin
            \chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=-(-[2]NH_2)=N-)} &
51 5 Andrey Golovin
            \chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=-(=[2]O)-HN-[,,2])} &
52 5 Andrey Golovin
            \chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=(-[1])-(=[2]O)-HN-[,,2])} 
53 5 Andrey Golovin
              \\[1.0cm]
54 5 Andrey Golovin
            Пиримидин&Цитозин&Урацил&Тимин\\[.2cm]
55 5 Andrey Golovin
             \hline
56 5 Andrey Golovin
57 5 Andrey Golovin
        \end{tabular}
58 5 Andrey Golovin
        \end{center}
59 5 Andrey Golovin
\end{frame}</code></pre>| !nucl-5.png! |
60 5 Andrey Golovin
61 5 Andrey Golovin
Стерео связи и подписи:
62 5 Andrey Golovin
63 5 Andrey Golovin
|_.Код      |_. Результат   |
64 5 Andrey Golovin
|<pre><code>
65 5 Andrey Golovin
\begin{frame}{Основания и остов}
66 5 Andrey Golovin
        \begin{center}
67 5 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
68 5 Andrey Golovin
        \node (2) at (6,5) {N-гликозидная связь};
69 5 Andrey Golovin
        \node (1) at (2,2) {%
70 5 Andrey Golovin
    \schemestart[][west]
71 5 Andrey Golovin
    \setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
72 5 Andrey Golovin
     \small\chemfig{-[0]O-[0]-[6]?<[7](-[,,,,line
73 5 Andrey Golovin
        width=0.2em]>[1](-[2]OH)-[:160,1.3]O?)-[6]O
74 5 Andrey Golovin
        -[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{1em}-})
75 5 Andrey Golovin
        -[0]O-[0]-[6]?[c2]<[7](-[,,,,line
76 5 Andrey Golovin
        width=0.2em]>[1](-[2]OH)-[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
77 5 Andrey Golovin
    }
78 5 Andrey Golovin
    \arrow{-U>[ 2B ]}[0] 
79 5 Andrey Golovin
    \setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
80 5 Andrey Golovin
      \small\chemfig{-[0]O-[0]-[6]?<[7](-[,,,,line
81 5 Andrey Golovin
        width=0.2em]>[1](-[2]B)-[:160,1.3]O?)-[6]O
82 5 Andrey Golovin
        -[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{1em}-})
83 5 Andrey Golovin
        -[0]O-[0]-[6]?[c2]<[7](-[,,,,line
84 5 Andrey Golovin
        width=0.2em]>[1](-[2]B)-[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
85 5 Andrey Golovin
    }
86 5 Andrey Golovin
\schemestop};
87 5 Andrey Golovin
\draw [orange,thick](2.south east) -- (2.south);
88 5 Andrey Golovin
\draw [->,orange,thick] (2.south east) -- (6,3.8);
89 5 Andrey Golovin
\end{tikzpicture}
90 5 Andrey Golovin
        \end{center}
91 5 Andrey Golovin
\end{frame}
92 5 Andrey Golovin
</code></pre>| !nucl-6.png! |
93 5 Andrey Golovin
94 5 Andrey Golovin
95 1 Andrey Golovin
h3. Формулы и объеткы tikz:
96 1 Andrey Golovin
97 1 Andrey Golovin
|_.Код      |_. Результат   |
98 1 Andrey Golovin
|<pre><code>
99 5 Andrey Golovin
{Молекулярная динамика}
100 5 Andrey Golovin
\begin{center}
101 5 Andrey Golovin
    \tiny
102 6 Andrey Golovin
$$ U=\sum_{bonds}{ \frac{k_i}{2} ( l_i - l_0)^2} + \sum_{angles}{ \frac{k_i}{2} ( \phi_i - \phi_0)^2} 
103 6 Andrey Golovin
+ \sum_{torsions} { \frac{V_n}{2} (1 + cos(n\omega - \gamma))} + $$
104 6 Andrey Golovin
$$ + \sum_{i=1}^N \sum_{j=i+1}^N  \left (   4 \epsilon_{ij} \left [ \left ( \frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}} 
105 6 Andrey Golovin
\right )^{12} - \left ( \frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}} \right )^6  \right ] + 
106 5 Andrey Golovin
\frac{q_i q_j}{ 4\pi \epsilon_0 r_{ij}} \right ) $$  
107 5 Andrey Golovin
\rule[0.5cm]{\linewidth}{1pt}
108 5 Andrey Golovin
\begin{tikzpicture}[node distance=1cm, auto]  
109 5 Andrey Golovin
\tikzset{%
110 5 Andrey Golovin
    mynode/.style={rectangle,draw=brown, top color=blue!10,bottom color=blue!10 },
111 5 Andrey Golovin
    myarrow/.style={->, >=latex', shorten >=1pt, thick},
112 5 Andrey Golovin
    mylabel/.style={text width=7em, text centered} 
113 5 Andrey Golovin
}  
114 5 Andrey Golovin
\node (nGray)   [mynode]   at      (0, 2.5) 
115 5 Andrey Golovin
{%
116 5 Andrey Golovin
    \begin{minipage}{0.4\textwidth}
117 5 Andrey Golovin
        \footnotesize Расчёт силы, действующей на атом  
118 5 Andrey Golovin
        \begin{center}
119 5 Andrey Golovin
        \normalsize
120 5 Andrey Golovin
$ F_i= \sum_j F_{ij} $
121 5 Andrey Golovin
       \end{center}
122 5 Andrey Golovin
    \end{minipage}
123 5 Andrey Golovin
};
124 5 Andrey Golovin
\node (nRed)    [mynode]    at      (3, 0)
125 5 Andrey Golovin
{%
126 5 Andrey Golovin
    \begin{minipage}{0.4\textwidth}
127 5 Andrey Golovin
       \footnotesize Расчёт новых координат  
128 5 Andrey Golovin
        \normalsize
129 5 Andrey Golovin
        \begin{center}
130 5 Andrey Golovin
            $ \frac{\partial^2r_i}{\partial t^2}=\frac{F_i}{m_i} $ \\
131 5 Andrey Golovin
            $ \frac{\partial r_i}{\partial t} =v_i , \frac{\partial
132 5 Andrey Golovin
            v_i}{\partial t} = \frac{F_i}{m_i} $
133 5 Andrey Golovin
       \end{center}
134 5 Andrey Golovin
    \end{minipage}
135 5 Andrey Golovin
};
136 5 Andrey Golovin
\node[mylabel, below of=nGray] (label1) at (-1,2) {%
137 5 Andrey Golovin
    \begin{minipage}{0.1\textwidth}
138 1 Andrey Golovin
           \[ \Delta t \]
139 5 Andrey Golovin
    \end{minipage}
140 5 Andrey Golovin
   };  
141 5 Andrey Golovin
\draw [ color   = red,   ultra thick,  -> ](nGray) |- (nRed);
142 5 Andrey Golovin
\draw [ color   = brown, ultra thick,  -> ](nRed) |- (nGray);
143 5 Andrey Golovin
\end{tikzpicture} 
144 5 Andrey Golovin
\end{center}
145 5 Andrey Golovin
\end{frame}%
146 6 Andrey Golovin
</code></pre>| !prez-11.png! |
147 5 Andrey Golovin
148 9 Andrey Golovin
Формулы и функции:
149 9 Andrey Golovin
150 9 Andrey Golovin
151 9 Andrey Golovin
152 9 Andrey Golovin
|_.Код      |_. Результат   |
153 9 Andrey Golovin
|<pre><code>
154 9 Andrey Golovin
\newcommand{\disk}[1]{%
155 9 Andrey Golovin
   \begin{tikzpicture}\draw[fill=#1,overlay,#1](0,0)circle(2pt);\end{tikzpicture} 
156 9 Andrey Golovin
}
157 9 Andrey Golovin
newcommand{\gua}[2]{%
158 9 Andrey Golovin
\setatomsep{2.0em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
159 9 Andrey Golovin
\chemfig{%
160 9 Andrey Golovin
  -[:#2]\disk{blue}*5(-=@{n7#1}\disk{blue}-(*6(-(=@{o#1}\disk{red})-\disk{blue}(-@{n#1}\disk{gray})-(%
161 9 Andrey Golovin
  -\disk{blue}(-[::60]\disk{gray})(-[::-60]@{n2#1}\disk{gray}))=\disk{blue}-))=-)%     
162 9 Andrey Golovin
  }}
163 9 Andrey Golovin
\begin{frame}%
164 9 Andrey Golovin
{Квадруплексные ДНК}
165 9 Andrey Golovin
        \begin{center}
166 9 Andrey Golovin
  \begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50},
167 9 Andrey Golovin
          every node/.style={scale=0.6}]
168 9 Andrey Golovin
  %\draw[help lines] (0,0) grid (8,4);    
169 9 Andrey Golovin
\node (2) at (6,1) {%
170 9 Andrey Golovin
   % \schemedebug{true}
171 9 Andrey Golovin
    \schemestart[][south west]
172 9 Andrey Golovin
     \gua{1}{-72}
173 9 Andrey Golovin
    \arrow[-24,0.05,draw=none]
174 9 Andrey Golovin
     \gua{2}{-162}
175 9 Andrey Golovin
    \arrow[-112.8,0.1,draw=none]
176 9 Andrey Golovin
   % \hspace{-3cm}
177 9 Andrey Golovin
     \gua{3}{-252}
178 9 Andrey Golovin
    \arrow[-204,0.0,draw=none]
179 9 Andrey Golovin
     \gua{4}{-342}
180 9 Andrey Golovin
  \chemmove[dashed]{%
181 9 Andrey Golovin
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=2pt](o1) -- (n4);
182 9 Andrey Golovin
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=2pt](o2) -- (n1);
183 9 Andrey Golovin
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=2pt](o3) -- (n2);
184 9 Andrey Golovin
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=2pt](o4) -- (n3);
185 9 Andrey Golovin
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=2pt](n21) -- (n72);
186 9 Andrey Golovin
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=2pt](n22) -- (n73);
187 9 Andrey Golovin
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=2pt](n23) -- (n74);
188 9 Andrey Golovin
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=2pt](n24) -- (n71);
189 9 Andrey Golovin
  }
190 9 Andrey Golovin
     \schemestop    
191 9 Andrey Golovin
     };
192 9 Andrey Golovin
     \end{tikzpicture}
193 9 Andrey Golovin
  \includegraphics[width=0.5\textwidth]{act2.png}
194 9 Andrey Golovin
  \end{center}
195 9 Andrey Golovin
\end{frame}%
196 10 Andrey Golovin
</code></pre>| !prez-17.png! |
197 5 Andrey Golovin
198 5 Andrey Golovin
199 5 Andrey Golovin
h3. Изображение и объеткы tikz:
200 5 Andrey Golovin
201 5 Andrey Golovin
|_.Код      |_. Результат   |
202 5 Andrey Golovin
|<pre><code>
203 5 Andrey Golovin
\begin{frame}%
204 5 Andrey Golovin
{Система для моделирования}
205 5 Andrey Golovin
\begin{tikzpicture}[xscale=1.0,yscale=1.0]
206 5 Andrey Golovin
    \node (ri) at (3,2 ) {\includegraphics[width=0.45\textwidth]{ribo.png}};
207 5 Andrey Golovin
    \node (cu) at (9,2) {\includegraphics[width=0.45\textwidth]{ribocube.png}};
208 5 Andrey Golovin
    \draw[thick,opacity=0.7] (2,1) rectangle (4,3);
209 5 Andrey Golovin
    \draw[thick] (cu.south west) rectangle (cu.north east);
210 1 Andrey Golovin
    \draw[dashed] (4,3) -- (cu.north west);
211 5 Andrey Golovin
    \draw[dashed] (4,1) -- (cu.south west);
212 5 Andrey Golovin
      \begin{scope}[fill opacity=.5,transparency group]
213 5 Andrey Golovin
    \node[thick,draw=black, fill=orange,opacity=0.5,circle,minimum size=1cm, radius=1.5] 
214 5 Andrey Golovin
    at (cu.center) {~} ;
215 5 Andrey Golovin
    \end{scope} 
216 5 Andrey Golovin
     \node at (cu.center){Lig};
217 5 Andrey Golovin
  \end{tikzpicture}
218 5 Andrey Golovin
\end{frame}%
219 6 Andrey Golovin
</code></pre>| !prez-12.png! |
220 5 Andrey Golovin
221 5 Andrey Golovin
222 7 Andrey Golovin
h3. График функции и не только (pgfplot):
223 5 Andrey Golovin
224 4 Andrey Golovin
|_.Код      |_. Результат   |
225 5 Andrey Golovin
|<pre><code>
226 4 Andrey Golovin
\begin{frame}%
227 4 Andrey Golovin
{Конформационное равновесие}
228 4 Andrey Golovin
  \begin{center}
229 4 Andrey Golovin
    \schemestart 
230 4 Andrey Golovin
    \setnodestyle{draw,rectangle,fill=red,minimum size=20pt}
231 4 Andrey Golovin
    \chemfig{P_2} 
232 4 Andrey Golovin
    \arrow{<->>}
233 4 Andrey Golovin
    \setnodestyle{draw,circle,fill=yellow,minimum size=20pt}
234 4 Andrey Golovin
    \chemfig{P_1}
235 4 Andrey Golovin
    \schemestop
236 4 Andrey Golovin
    \hspace{3cm}~\par
237 4 Andrey Golovin
    \vspace{.75cm}
238 4 Andrey Golovin
\begin{tikzpicture}[xscale=1.0,yscale=1.0]
239 4 Andrey Golovin
    %% Pot energy plot
240 4 Andrey Golovin
  \begin{axis}[height=7cm,width=15cm,
241 4 Andrey Golovin
    xmin=-300,xmax=400,ymin=-.2, hide x axis, hide y axis,
242 4 Andrey Golovin
    xlabel=$$, ylabel=$$]
243 4 Andrey Golovin
   \addplot+[raw gnuplot, draw=blue, mark=none, smooth,thick] gnuplot[id=m]{%
244 4 Andrey Golovin
         set xrange [-180:180]; plot 1-0.25*(1+cos(3*pi*x/180))- 0.25*(1+cos(2*pi*x/180)) };
245 4 Andrey Golovin
  \draw[dashed,thick,red,->] (axis cs:-150,.7) parabola bend (axis cs:-70,0.95)(axis cs:0,.7);
246 4 Andrey Golovin
  \addplot[->,thick] coordinates {(-180,0.33) (-150,0.33)};
247 4 Andrey Golovin
  \addplot[->,thick] coordinates {(-180,0.90) (-80,.90)};
248 4 Andrey Golovin
  \addplot[thick] coordinates {(-180,0.90) (-180,.70)};
249 4 Andrey Golovin
  \addplot[thick] coordinates {(-180,0.33) (-180,.52)};
250 4 Andrey Golovin
  \addplot[->,thick] coordinates {(90,0.33) (-120,0.33)};
251 4 Andrey Golovin
  \addplot[->,thick] coordinates {(90,0.00) (5,.00)};
252 4 Andrey Golovin
  \addplot[thick] coordinates {(90,0.33) (90,0.22)};
253 4 Andrey Golovin
  \addplot[thick] coordinates {(90,0) (90,.05)};
254 4 Andrey Golovin
  \node at (axis cs:-180,0.6) {$\Delta E_a$};
255 4 Andrey Golovin
  \node at (axis cs:90,0.16) {$\Delta G$};
256 4 Andrey Golovin
  \node at (axis cs:-140,0.25) {$P_2$};
257 4 Andrey Golovin
  \node at (axis cs:0,-0.1) {$P_1$};
258 4 Andrey Golovin
  \node at (axis cs:200,0.1){%
259 4 Andrey Golovin
  \Large{$\frac{[P_1]}{[P_2]}\sim e^{-\frac{\Delta G}{RT}}
260 4 Andrey Golovin
      $}
261 4 Andrey Golovin
   } ;
262 4 Andrey Golovin
  \node at (axis cs:200,-0.1){%
263 1 Andrey Golovin
  $\frac{1}{100}\sim $ \textit{5 кКал}} ;
264 1 Andrey Golovin
  \node at  (axis cs:-180,0){%
265 1 Andrey Golovin
  \Large{$ k_v \sim e^{-\frac{\Delta E_a}{RT}}$}
266 1 Andrey Golovin
  };
267 1 Andrey Golovin
\end{axis}
268 1 Andrey Golovin
\end{tikzpicture}
269 1 Andrey Golovin
  \end{center}
270 1 Andrey Golovin
\end{frame}%
271 1 Andrey Golovin
</code></pre>| !prez-2.png! |
272 6 Andrey Golovin
273 7 Andrey Golovin
h3. Пример таблицы с указанием выравнивания текста (tabularx):
274 6 Andrey Golovin
275 6 Andrey Golovin
|_.Код      |_. Результат   |
276 6 Andrey Golovin
|<pre><code>
277 6 Andrey Golovin
\newcolumntype{P}[1]{>{\raggedright\arraybackslash}p{#1}}
278 6 Andrey Golovin
\newcolumntype{Z}[1]{>{\raggedleft\arraybackslash}p{#1}}
279 6 Andrey Golovin
\newcolumntype{Y}[1]{>{\centering\arraybackslash}p{#1}}
280 6 Andrey Golovin
\newcolumntype{M}{>{$\vcenter\bgroup\hbox\bgroup}c<{\egroup\egroup$}}
281 6 Andrey Golovin
282 6 Andrey Golovin
\begin{frame}%
283 6 Andrey Golovin
\tiny\begin{tabularx}{\textwidth}{P{3cm} P{3cm} P{4.0cm} }
284 6 Andrey Golovin
\hline
285 6 Andrey Golovin
Система&Исследуемый фактор&Результат\\
286 6 Andrey Golovin
\hline
287 6 Andrey Golovin
Четырёх тяжевой  квадруплекс состоящий из  двух G-квартетов с катионом калия в
288 6 Andrey Golovin
центре. & 
289 6 Andrey Golovin
Влияние петель на стабильность G-стебля & G-стебль был стабилен в течении всех
290 6 Andrey Golovin
700 наносекунд наблюдения \\
291 6 Andrey Golovin
\hdashline
292 6 Andrey Golovin
Четырёх тяжевой  квадруплекс состоящий из  двух G-квартетов без катиона в
293 6 Andrey Golovin
центре\textsuperscript{*}  & Роль катиона в стабилизации G-стебля. &
294 6 Andrey Golovin
G-стебель потерял структуру в начале наблюдения \\
295 6 Andrey Golovin
\hdashline
296 6 Andrey Golovin
ЯМР модель с заменой катиона калия на катион натрия.& Влияние параметров
297 6 Andrey Golovin
описания катиона на поведение стабильной структуры 15-ТВА и её геометрию &
298 6 Andrey Golovin
Не замечено значительной разницы в поведении структуры в комплексе с разными
299 6 Andrey Golovin
катионами.\\
300 6 Andrey Golovin
\hdashline
301 6 Andrey Golovin
ЯМР модель без катиона внутри квадруплекса & Влияние стабилизирующего иона на
302 6 Andrey Golovin
структурную стабильность 15-ТВА. & Несмотря на высокую амплитуду флуктуаций,
303 6 Andrey Golovin
модель сохранила квадруплексную структуру. На 72 нс. катион натрия из раствора
304 6 Andrey Golovin
проник в центр квадруплекса через ТТ петли  и стабилизировал молекулу до конца наблюдения.\\
305 6 Andrey Golovin
\hdashline
306 6 Andrey Golovin
ЯМР модель где основание Т9 ориентировано в раствор и не образует стэкинга с
307 6 Andrey Golovin
верхним квартетом (TG(-T) ЯМР) & Способна ли ЯМР модель сохранить структуру если
308 6 Andrey Golovin
только G8 из  TGT петли образует стэкинг с G-квадруплексом?& Аптамер потерял
309 6 Andrey Golovin
структуру квадруплекса, все квартеты потеряли геометрию, не смотря на наличие
310 6 Andrey Golovin
пары Т4-Т13 в стартовой структуре \\
311 6 Andrey Golovin
\hdashline
312 6 Andrey Golovin
РСА модель, где основание Т9 образует стэкинг с G-квартетом (ТG(+T) РСА)& Может
313 6 Andrey Golovin
ли стекинг взаимодействие одного основания сделать РСА модель стабильной? &
314 6 Andrey Golovin
Модель проявила гораздо лучшую стабильность и сохраняла квадруплексную структуру
315 6 Andrey Golovin
в течении 790 нс., в этот момент основания Т4 и Т13 образовали стекинг
316 6 Andrey Golovin
взаимодействие, которое привело к нарушению планарности нижнего квартета и
317 6 Andrey Golovin
квдруплексная геометрия была потеряна\\
318 6 Andrey Golovin
\hline
319 6 Andrey Golovin
\end{tabularx}
320 6 Andrey Golovin
\end{frame}%
321 6 Andrey Golovin
</code></pre>| !table.png! |
322 6 Andrey Golovin
323 7 Andrey Golovin
h3. Пример c визуализацией данных и картинкой на графике (pgfplot):
324 6 Andrey Golovin
325 6 Andrey Golovin
|_.Код      |_. Результат   |
326 6 Andrey Golovin
|<pre><code>
327 6 Andrey Golovin
\begin{frame}%
328 6 Andrey Golovin
{Структуры ЯМР и РСА }
329 6 Andrey Golovin
\begin{tikzpicture}
330 6 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
331 6 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0,     
332 6 Andrey Golovin
       xlabel={время (нс)},
333 6 Andrey Golovin
       ylabel={ СКО РСА (нм)},
334 6 Andrey Golovin
       width=0.45\textwidth, height=8cm,
335 6 Andrey Golovin
tick label style={font=\footnotesize},label style={font=\small}]
336 6 Andrey Golovin
\addplot +[ color=black, mark=none] table [x expr=\thisrow{time}/1000,
337 6 Andrey Golovin
y=rmsd]  {plots/pic5_data.dat};
338 6 Andrey Golovin
\addplot graphics [xmin=100,xmax=900,ymin=0.05,ymax=0.2]{plots/pic5_bitmap.png};
339 6 Andrey Golovin
%\node (1) at (axis cs:500, 0.6) {\includegraphics[width=0.6\pgfplotswidth]{plots/pic_5b_bitmap.png}};
340 6 Andrey Golovin
    \end{axis}
341 6 Andrey Golovin
\end{tikzpicture}
342 6 Andrey Golovin
\begin{tikzpicture}
343 6 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
344 6 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0, ymax=0.9 , 
345 6 Andrey Golovin
       xlabel={время (нс)},
346 6 Andrey Golovin
       yticklabel pos=right,
347 6 Andrey Golovin
       ylabel={ СКО ЯМР (нм)},
348 6 Andrey Golovin
       width=0.45\textwidth, height=8cm,
349 6 Andrey Golovin
tick label style={font=\footnotesize},label style={font=\small}]
350 6 Andrey Golovin
\addplot+[no markers, raw gnuplot,color=orange]  gnuplot {%
351 6 Andrey Golovin
set samples 1000;
352 6 Andrey Golovin
plot "plots/nmrfftestrms.xvg" using ($1/1000):($2) smooth csplines with lines};
353 6 Andrey Golovin
\addplot graphics [xmin=100,xmax=900,ymin=0.6,ymax=0.75]{pic_5b_bitmap.png};
354 6 Andrey Golovin
%    \node (1) at (axis cs:500, 0.2) {\includegraphics[width=0.6\pgfplotswidth]{plots/pic5_bitmap.png}};
355 6 Andrey Golovin
    \end{axis}
356 1 Andrey Golovin
\end{tikzpicture}
357 1 Andrey Golovin
\end{frame}%
358 1 Andrey Golovin
</code></pre>| !prez-26.png! |
359 7 Andrey Golovin
360 7 Andrey Golovin
h3. Рисование чего-то в tikz и циклы в latex:
361 7 Andrey Golovin
362 7 Andrey Golovin
|_.Код      |_. Результат   |
363 7 Andrey Golovin
|<pre><code>
364 7 Andrey Golovin
\pgfplotsset{every axis legend/.append style={
365 7 Andrey Golovin
     at={(0,-0.2)}, anchor=north}}
366 7 Andrey Golovin
     \begin{tikzpicture}[baseline]
367 7 Andrey Golovin
\begin{axis}[
368 7 Andrey Golovin
     legend style={font=\tiny},      
369 7 Andrey Golovin
    xbar,
370 7 Andrey Golovin
    xmin=0,xmax=1, ymin=0,ymax=40,hide x axis, bar width=0.4cm,
371 7 Andrey Golovin
     width=2.5cm, height=5cm
372 7 Andrey Golovin
]
373 7 Andrey Golovin
\addplot [draw=black,fill=orange] coordinates {(1,15.5) (1,20.5) };
374 7 Andrey Golovin
\addlegendentry{Латеральные}
375 7 Andrey Golovin
\addplot [draw=black,fill=green!50!blue] coordinates {(1,20) (1,25) (1,30) (1,35)};
376 7 Andrey Golovin
\addlegendentry{Без петель}
377 7 Andrey Golovin
\addplot [draw=black,fill=orange!50!black] coordinates {(.7,10) (.7,14.5) };
378 7 Andrey Golovin
\addlegendentry{Диагональные}
379 7 Andrey Golovin
\addplot [draw=black,fill=green!50!black] coordinates {(.7,24)};
380 7 Andrey Golovin
\addlegendentry{Пропеллерные}
381 7 Andrey Golovin
\end{axis}
382 7 Andrey Golovin
\end{tikzpicture}
383 7 Andrey Golovin
\tikzstyle{chain} = [thick,orange,>=stealth]
384 7 Andrey Golovin
      \begin{tabular}{M M M M}
385 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}
386 7 Andrey Golovin
    % stupido loopless parallel
387 7 Andrey Golovin
      \coordinate (A) at (0,0); 
388 7 Andrey Golovin
      \coordinate (B) at (1.0,0);
389 7 Andrey Golovin
      \coordinate (C) at (1.5,.5);
390 7 Andrey Golovin
      \coordinate (D) at (.5,.5);
391 7 Andrey Golovin
      \draw[chain,->] ([yshift=-0.1cm]D) -- ([yshift=0.5cm]D);
392 7 Andrey Golovin
      \begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
393 7 Andrey Golovin
      \foreach \i in {0cm,0.3cm} {
394 7 Andrey Golovin
          \draw[fill=gray,opacity=0.5] 
395 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
396 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
397 7 Andrey Golovin
  }
398 7 Andrey Golovin
      \end{scope}
399 7 Andrey Golovin
   \foreach \k in {A,B,C} {
400 7 Andrey Golovin
      \draw[chain,->] ([yshift=-0.1cm]\k) -- ([yshift=0.5cm]\k);
401 7 Andrey Golovin
  }
402 7 Andrey Golovin
  \end{tikzpicture}%
403 7 Andrey Golovin
           &
404 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
405 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
406 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
407 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.},
408 7 Andrey Golovin
       xlabel={угол, град},
409 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
410 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white]  table {%
411 7 Andrey Golovin
        plots/acta/11.dist.twist};
412 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
413 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
414 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
415 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
416 7 Andrey Golovin
       yticklabel pos=right,
417 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
418 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.}, 
419 7 Andrey Golovin
       xlabel={планарность,\AA},
420 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
421 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white]  table {%
422 7 Andrey Golovin
        plots/acta/11.dist.plane};
423 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
424 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
425 7 Andrey Golovin
           &%
426 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.8},baseline]
427 7 Andrey Golovin
    % Basket like diagonal-lateral
428 7 Andrey Golovin
      \coordinate (A) at (0,0); \coordinate (B) at (1.0,0);
429 7 Andrey Golovin
      \coordinate (C) at (1.5,.5); \coordinate (D) at (.5,.5);
430 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
431 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
432 7 Andrey Golovin
      \begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
433 7 Andrey Golovin
      \foreach \i in {0cm,0.3cm} {
434 7 Andrey Golovin
          \draw[fill=gray,opacity=0.5] 
435 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
436 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
437 7 Andrey Golovin
      }
438 7 Andrey Golovin
      \end{scope}
439 7 Andrey Golovin
     \foreach \k in {A,B,C} {
440 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
441 7 Andrey Golovin
     }
442 7 Andrey Golovin
     \draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[in=90,out=90, min distance=.5cm]
443 7 Andrey Golovin
     ([yshift=0.3cm]D);
444 7 Andrey Golovin
     \draw[chain] (A) edge[bend right=90, min distance=.5cm] (B);
445 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}
446 7 Andrey Golovin
    &
447 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
448 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
449 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
450 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.},
451 7 Andrey Golovin
       xlabel={угол, град},
452 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
453 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white]  table {%
454 7 Andrey Golovin
        plots/acta/3.dist.twist};
455 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
456 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
457 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
458 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
459 7 Andrey Golovin
       yticklabel pos=right,
460 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
461 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.}, 
462 7 Andrey Golovin
       xlabel={планарность,\AA},
463 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
464 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white]  table {%
465 7 Andrey Golovin
        plots/acta/3.dist.plane};
466 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
467 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
468 7 Andrey Golovin
  \\
469 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture} 
470 7 Andrey Golovin
    % propellers
471 7 Andrey Golovin
      \coordinate (A) at (0,0); 
472 7 Andrey Golovin
      \coordinate (B) at (1.0,0);
473 7 Andrey Golovin
      \coordinate (C) at (1.5,.5);
474 7 Andrey Golovin
      \coordinate (D) at (.5,.5);
475 7 Andrey Golovin
      %%%% chains below 
476 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
477 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=0.3cm]C) edge[bend right=20] (D);
478 7 Andrey Golovin
      %%%%% Plains
479 7 Andrey Golovin
      \begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
480 7 Andrey Golovin
      \foreach \i in {0cm,0.3cm} {
481 7 Andrey Golovin
          \draw[fill=gray,opacity=0.5] 
482 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
483 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
484 7 Andrey Golovin
      }
485 7 Andrey Golovin
      \end{scope}
486 7 Andrey Golovin
      %%%%% Chains above
487 7 Andrey Golovin
      \foreach \k in {A,B,C} {
488 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
489 7 Andrey Golovin
      }
490 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=0.3cm]A) edge[bend left=20] (B);
491 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[bend left=20] (C);
492 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
493 7 Andrey Golovin
        &
494 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
495 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
496 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
497 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.},
498 7 Andrey Golovin
       xlabel={угол, град},
499 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
500 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white]  table {%
501 7 Andrey Golovin
        plots/acta/5.dist.twist};
502 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
503 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
504 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
505 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
506 7 Andrey Golovin
       yticklabel pos=right,
507 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
508 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.}, 
509 7 Andrey Golovin
       xlabel={планарность,\AA},
510 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
511 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white]  table {%
512 7 Andrey Golovin
        plots/acta/5.dist.plane};
513 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
514 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
515 7 Andrey Golovin
       &
516 7 Andrey Golovin
      \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.8},baseline]
517 7 Andrey Golovin
  % TBA like
518 7 Andrey Golovin
      \coordinate (A) at (0,0); 
519 7 Andrey Golovin
      \coordinate (B) at (1.0,0);
520 7 Andrey Golovin
      \coordinate (C) at (1.5,.5);
521 7 Andrey Golovin
      \coordinate (D) at (.5,.5);
522 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
523 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
524 7 Andrey Golovin
      \begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
525 7 Andrey Golovin
      \foreach \i in {0cm,0.3cm} {
526 7 Andrey Golovin
          \draw[fill=gray,opacity=0.5] 
527 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
528 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
529 7 Andrey Golovin
  }
530 7 Andrey Golovin
      \end{scope}
531 7 Andrey Golovin
   \foreach \k in {A,B,C} {
532 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
533 7 Andrey Golovin
  }
534 7 Andrey Golovin
  \draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[out=90,in=90,min distance=.7cm] ([yshift=0.3cm]C);
535 7 Andrey Golovin
  \draw[chain] (A) edge[bend right=90, min distance=.5cm] (B);
536 7 Andrey Golovin
  \end{tikzpicture}%
537 7 Andrey Golovin
  &
538 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
539 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
540 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
541 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.},
542 7 Andrey Golovin
       xlabel={угол, град},
543 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
544 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white]  table {%
545 7 Andrey Golovin
        plots/acta/1.dist.twist};
546 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
547 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
548 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
549 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
550 7 Andrey Golovin
       yticklabel pos=right,
551 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
552 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.}, 
553 7 Andrey Golovin
       xlabel={планарность,\AA},
554 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
555 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white]  table {%
556 7 Andrey Golovin
        plots/acta/1.dist.plane};
557 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
558 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
559 7 Andrey Golovin
\\
560 7 Andrey Golovin
        
561 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture} 
562 7 Andrey Golovin
      % two propellers 
563 7 Andrey Golovin
      \coordinate (A) at (0,0); 
564 7 Andrey Golovin
      \coordinate (B) at (1.0,0);
565 7 Andrey Golovin
      \coordinate (C) at (1.5,.5);
566 7 Andrey Golovin
      \coordinate (D) at (.5,.5);
567 7 Andrey Golovin
      %%%% chains below 
568 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
569 7 Andrey Golovin
      %%%%% Plains
570 7 Andrey Golovin
      \begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
571 7 Andrey Golovin
      \foreach \i in {0cm,0.3cm} {
572 7 Andrey Golovin
          \draw[fill=gray,opacity=0.5] 
573 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
574 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
575 7 Andrey Golovin
      }
576 7 Andrey Golovin
      \end{scope}
577 7 Andrey Golovin
      %%%%% Chains above
578 7 Andrey Golovin
      \foreach \k in {A,B,C} {
579 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
580 7 Andrey Golovin
      }
581 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[bend left=20] (C);
582 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=0.3cm]A) edge[bend left=20] (D);
583 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
584 7 Andrey Golovin
          &
585 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
586 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
587 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
588 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.},
589 7 Andrey Golovin
       xlabel={угол, град},
590 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
591 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white]  table {%
592 7 Andrey Golovin
        plots/acta/9.dist.twist};
593 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
594 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
595 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
596 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
597 7 Andrey Golovin
       yticklabel pos=right,
598 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
599 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.}, 
600 7 Andrey Golovin
       xlabel={планарность,\AA},
601 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
602 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white]  table {%
603 7 Andrey Golovin
        plots/acta/9.dist.plane};
604 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
605 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
606 7 Andrey Golovin
          &%
607 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}
608 7 Andrey Golovin
         % Two lateral 
609 7 Andrey Golovin
      \coordinate (A) at (0,0); 
610 7 Andrey Golovin
      \coordinate (B) at (1.0,0);
611 7 Andrey Golovin
      \coordinate (C) at (1.5,.5);
612 7 Andrey Golovin
      \coordinate (D) at (.5,.5);
613 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
614 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
615 7 Andrey Golovin
      \begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
616 7 Andrey Golovin
      \foreach \i in {0cm,0.3cm} {
617 7 Andrey Golovin
          \draw[fill=gray,opacity=0.5] 
618 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
619 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
620 7 Andrey Golovin
  }
621 7 Andrey Golovin
      \end{scope}
622 7 Andrey Golovin
   \foreach \k in {A,B,C} {
623 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
624 7 Andrey Golovin
  }
625 7 Andrey Golovin
  \draw[chain] (A) edge[bend right=90, min distance=.5cm] (B);
626 7 Andrey Golovin
  \end{tikzpicture}%
627 7 Andrey Golovin
  &
628 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
629 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
630 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
631 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.},
632 7 Andrey Golovin
       xlabel={угол, град},
633 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
634 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white]  table {%
635 7 Andrey Golovin
        plots/acta/6.dist.twist};
636 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
637 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
638 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
639 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
640 7 Andrey Golovin
       yticklabel pos=right,
641 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
642 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.}, 
643 7 Andrey Golovin
       xlabel={планарность,\AA},
644 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
645 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white]  table {%
646 7 Andrey Golovin
        plots/acta/6.dist.plane};
647 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
648 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
649 7 Andrey Golovin
  \\
650 7 Andrey Golovin
        
651 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}
652 7 Andrey Golovin
    % Basket like
653 7 Andrey Golovin
      \coordinate (A) at (0,0); \coordinate (B) at (1.0,0);
654 7 Andrey Golovin
      \coordinate (C) at (1.5,.5); \coordinate (D) at (.5,.5);
655 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
656 7 Andrey Golovin
      \begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
657 7 Andrey Golovin
      \foreach \i in {0cm,0.3cm} {
658 7 Andrey Golovin
          \draw[fill=gray,opacity=0.5] 
659 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
660 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
661 7 Andrey Golovin
      }
662 7 Andrey Golovin
      \end{scope}
663 7 Andrey Golovin
     \foreach \k in {A,B,C} {
664 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
665 7 Andrey Golovin
     }
666 7 Andrey Golovin
     \draw[chain] (A) edge[bend right=70, min distance=.7cm] (C);
667 7 Andrey Golovin
     \draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[in=90,out=90, min distance=.5cm]
668 7 Andrey Golovin
     ([yshift=0.3cm]D);
669 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}
670 7 Andrey Golovin
    &
671 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
672 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
673 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
674 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.},
675 7 Andrey Golovin
       xlabel={угол, град},
676 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
677 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white]  table {%
678 7 Andrey Golovin
        plots/acta/8.dist.twist};
679 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
680 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
681 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
682 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
683 7 Andrey Golovin
       yticklabel pos=right,
684 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
685 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.}, 
686 7 Andrey Golovin
       xlabel={планарность,\AA},
687 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
688 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white]  table {%
689 7 Andrey Golovin
        plots/acta/8.dist.plane};
690 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
691 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
692 7 Andrey Golovin
    
693 7 Andrey Golovin
    &
694 7 Andrey Golovin
      \begin{tikzpicture}
695 7 Andrey Golovin
  % TBA like with propeller
696 7 Andrey Golovin
      \coordinate (A) at (0,0); 
697 7 Andrey Golovin
      \coordinate (B) at (1.0,0);
698 7 Andrey Golovin
      \coordinate (C) at (1.5,.5);
699 7 Andrey Golovin
      \coordinate (D) at (.5,.5);
700 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]D) -- ([yshift=0.3cm]D);
701 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] (C) edge[bend left=90, min distance=.5cm] (D);
702 7 Andrey Golovin
      \begin{scope}[opacity=.5,transparency group]
703 7 Andrey Golovin
      \foreach \i in {0cm,0.3cm} {
704 7 Andrey Golovin
          \draw[fill=gray,opacity=0.5] 
705 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]A) -- ([yshift=\i]B) --
706 7 Andrey Golovin
          ([yshift=\i]C) -- ([yshift=\i]D) -- cycle ;
707 7 Andrey Golovin
      }
708 7 Andrey Golovin
      \end{scope}
709 7 Andrey Golovin
   \foreach \k in {A,B,C} {
710 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=-0cm]\k) -- ([yshift=0.3cm]\k);
711 7 Andrey Golovin
     }
712 7 Andrey Golovin
     \draw[chain] ([yshift=0.3cm]B) edge[out=90,in=90,min distance=.7cm] ([yshift=0.3cm]C);
713 7 Andrey Golovin
      \draw[chain] ([yshift=0.3cm]A) edge[bend left=20] (B);
714 7 Andrey Golovin
  \end{tikzpicture}%
715 7 Andrey Golovin
  &
716 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
717 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
718 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
719 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.},
720 7 Andrey Golovin
       xlabel={угол, град},
721 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
722 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,fill=green!50!white]  table {%
723 7 Andrey Golovin
        plots/acta/2.dist.twist};
724 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
725 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
726 7 Andrey Golovin
    \begin{tikzpicture}[every node/.style={scale=0.3},baseline]
727 7 Andrey Golovin
    \begin{axis}[
728 7 Andrey Golovin
       yticklabel pos=right,
729 7 Andrey Golovin
       xmin=0,ymin=0.0, ybar, ybar, bar width=2pt,tiny,
730 7 Andrey Golovin
       %ylabel={N, шт.}, 
731 7 Andrey Golovin
       xlabel={планарность,\AA},
732 7 Andrey Golovin
       width=0.2\textwidth, height=2.5cm,]
733 7 Andrey Golovin
       \addplot [no markers, raw gnuplot,color=black,fill=red!50!white]  table {%
734 7 Andrey Golovin
        plots/acta/2.dist.plane};
735 7 Andrey Golovin
     \end{axis}
736 7 Andrey Golovin
    \end{tikzpicture}%
737 7 Andrey Golovin
\\
738 7 Andrey Golovin
\end{tabular} 
739 7 Andrey Golovin
</code></pre>| !prez-20.png! |