Production #397
Project #419: Второй металл и протоны в AmiN
Production #396: Динамики с ANP-PNP
Подготовка систем
| Status: | Resolved | Start date: | 03.05.2021 | |
|---|---|---|---|---|
| Priority: | Normal | Due date: | 15.06.2021 | |
| Assignee: | % Done: | 100% | ||
| Category: | - | |||
| Target version: | - |
Description
Аккуратно и, по возможности, автоматизированно собрать системы.
Металлы:- Mg
- MgLi
- MgMg
- AMP-PNP
- AMP-PNPh-up
- AMP-PNPh-in
- AMP-PNPh-out
- Ami / neg
- Am0 / neg
- Am0 / Glh36
- Am0 / Ash202
- Am0 / Ash222
History
#1
Updated by Alexander Zlobin almost 3 years ago
- Tracker changed from Написать to Production
#2
Updated by July Belyaeva almost 3 years ago
.gro всех систем:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/systems-gro/
Системы:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/systems
При попытке выполнить grompp (с ions.mdp) выдается следующее:
WARNING 1 [file topol.top, line 51827]:
98 non-matching atom names
atom names from topol.top will be used
Темплейты для топологий лежат здесь:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/templates/for-topology
Все собирается с помощью jupyter-notebook, который лежит по следующему пути:
/home/domain/julybel/amin-2021/systems-creation.ipynb
Собирается правильно, проблема, думаю, при подготовке темплейтов топологии - буду разбираться с этим ворнингом
atom names from solv.gro will be ignored
#3
Updated by July Belyaeva almost 3 years ago
- % Done changed from 0 to 40
#4
Updated by July Belyaeva almost 3 years ago
Обновлю порядок атомов в itp для амикумация и amp-pnp
#5
Updated by July Belyaeva almost 3 years ago
- % Done changed from 40 to 100
Системы (белок+амикумацин+amp-pnp+ионы) лежат по следующему пути:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/systems/
В директориях, соответствующих каждой системе, лежат файлы:
- .gro системы,
- topol.top,
- atoms.itp,
- .itp амикумацина,
- .itp amp-pnp,
#6
Updated by Alexander Zlobin almost 3 years ago
- % Done changed from 100 to 60
Есть системы, где неверное число атомов в GRO, также есть системы с неверно расположенным АТФ. Насколько это одни и те же системы, не могу пока сказать. Пример, где есть и то, и то:
am0-ash202_no_1mg
Проверь, пожалуйста, все папки на предмет того, что все правильно и хорошо.
Также как проверишь, создай везде индекс-файлы sys.ndx с группой Protein_holo (белок + атф + амик)
И создай posre.itp для группы белок без тяжелых атомов, где замени значение силовой константы по всем трем направлениям на "FC FC FC"
UPD
Всего в 45 системах есть ANP-PNP, а их должно быть 60, то есть в 15 у нас проблемы
Это собственно все системы с no, то есть непротонированным AMP-PNP
UPD 2
Во всех системах нужно сохранить кристаллическую воду
#7
Updated by July Belyaeva almost 3 years ago
- % Done changed from 60 to 80
Пересобранные системы лежат по следующему пути:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/systems/
.gro каждой системы открывала в PyMol и смотрела глазами (быстро, на предмет соответствия названию, а не на идеальное взаиморасположение элементов).
Была добавлена кристаллическая вода.
Скрипт сборки систем из темплейтов работает очень быстро.
Остается это:
Также как проверишь, создай везде индекс-файлы sys.ndx с группой Protein_holo (белок + атф + амик)
И создай posre.itp для группы белок без тяжелых атомов, где замени значение силовой константы по всем трем направлениям на "FC FC FC"
#8
Updated by July Belyaeva almost 3 years ago
- % Done changed from 80 to 100
Для систем подготовлены sys.ndx и posre.itp
#9
Updated by Alexander Zlobin over 2 years ago
- Status changed from New to Resolved