Фосфоглицерат мутаза

10.01.2022

19:21 Production #450: Стартовые системы

Для S-изомера все получилось, с ним работала в новой папке
/home/domain/rachkovanastya/PGM_S_start
Anastasia Rachkova

17:59 Production #450: Стартовые системы

Переделала все еще раз, подкорректировала воду, в который сомневалась в прошлый раз. Но снова при запуске gmx mdrun -... Anastasia Rachkova

09.01.2022

02:35 Production #450: Стартовые системы

Что есть:
прочитала статьи.
для R-изомера еще раз заново сделала файл белка, поправила руками Asn, Gln, His. Сделал... Anastasia Rachkova

03.01.2022

15:50 Production #450: Стартовые системы

При выполнении
*gmx grompp -f em.mdp -c 3GP5_ions.gro -p topol.top -o em.tpr*
возникла сдедующая ошибка:
Fatal er... Anastasia Rachkova

29.12.2021

12:13 Production #450: Стартовые системы

Важные моменты:
В файле complex.gro лучше сразу ставить атомы лиганда сразу после белка и перед водой, все атомы дол... Anastasia Rachkova

25.12.2021

16:35 Production #450: Стартовые системы

Этот момент в файле вроде не касается даже аминоксилот и прочего, но я как-то не рискнула просто удалить эту строчку ... Anastasia Rachkova

16:31 Production #450: Стартовые системы

Добрый вечер!
Я продвинулась дальше, но снова наткнулась на неочевидную ошибку при запуске команды:
gmx grompp -f ... Anastasia Rachkova

22.12.2021

14:18 Production #450: Стартовые системы

Локально (только на этой неделе) переношу время работы над проектом с сегодня (среда) но четверг. Anastasia Rachkova

18.12.2021

21:59 Production #450: Стартовые системы

О, спасибо большое за инструкцию!
Я сделала рабочий файл-таки, пришлось сначала фиксить его без фосфогистидина, а по... Anastasia Rachkova

17.12.2021

11:12 Production #450: Стартовые системы

Вы можете сами такие вещи смотреть.
Отсылаю к этой части обсуджения: export GMXLIB=/home/domain/data/zlobin/gmxlib
... Alexander Zlobin