Activity

From 09.12.2021 to 07.01.2022

15:50 Production #450: Стартовые системы: При выполнении
*gmx grompp -f em.mdp -c 3GP5_ions.gro -p topol.top -o em.tpr*
возникла сдедующая ошибка:
Fatal er... Anastasia Rachkova

12:13 Production #450: Стартовые системы: Важные моменты:
В файле complex.gro лучше сразу ставить атомы лиганда сразу после белка и перед водой, все атомы дол... Anastasia Rachkova

16:35 Production #450: Стартовые системы: Этот момент в файле вроде не касается даже аминоксилот и прочего, но я как-то не рискнула просто удалить эту строчку ... Anastasia Rachkova
16:31 Production #450: Стартовые системы: Добрый вечер!
Я продвинулась дальше, но снова наткнулась на неочевидную ошибку при запуске команды:
gmx grompp -f ... Anastasia Rachkova

14:18 Production #450: Стартовые системы: Локально (только на этой неделе) переношу время работы над проектом с сегодня (среда) но четверг. Anastasia Rachkova

21:59 Production #450: Стартовые системы: О, спасибо большое за инструкцию!
Я сделала рабочий файл-таки, пришлось сначала фиксить его без фосфогистидина, а по... Anastasia Rachkova

11:12 Production #450: Стартовые системы: Вы можете сами такие вещи смотреть.
Отсылаю к этой части обсуджения: export GMXLIB=/home/domain/data/zlobin/gmxlib
... Alexander Zlobin

23:32 Production #450: Стартовые системы: Попробовала еще раз, ошибка следующая:
_Fatal error:
Atom O1 in residue H2E 9 was not found in rtp entry H2E with... Anastasia Rachkova
23:30 Production #450: Стартовые системы: Точное время для лабораторной работы до конца января:
Понедельник 12:30 - 14:00
Среда 14:00 - 16:30
Суббота либо 1... Anastasia Rachkova
16:57 Production #450: Стартовые системы: Потому что у остатка HIE нет никаких кислородов. Они есть у остатка H2E. Это совсем разные остатки.
Сейчас ошибка го... Alexander Zlobin

22:52 Production #450: Стартовые системы: С тирозином это я и сама запуталась, извините. А вот с O3 не поняла, там же действительно 3 кислорода, почему не долж... Anastasia Rachkova
22:45 Production #450: Стартовые системы: А еще я разобралась-таки с исходным pdb. Исправила название атома, убрала этот TER и сделала фосфатную группу частью ... Anastasia Rachkova
22:42 Production #450: Стартовые системы: Добрый вечер! Пишу про сроки проекта. На самом деле я не так уж и отклонилась от исходного плана: в декабре сделать с... Anastasia Rachkova

16:02 Production #450: Стартовые системы: Каким тирозином?... Я что-то совершенно запутался. Не надо использовать никакой pdbfixer, он ничего не знает про фосф... Alexander Zlobin
15:49 Production #450: Стартовые системы: Интересно, когда я пофиксила pdbfixer'ом созданный мною файл, там реально получился какой-то треш. Сейчас пробую сдел... Anastasia Rachkova
14:47 Production #450: Стартовые системы: Ну он тут все говорит прямо. В его рецепте для остатка HIE (в данном случае Ц-концевого HIE - кстати, проверь, должен... Alexander Zlobin
14:43 Production #450: Стартовые системы: Забавно, когда делала первый раз - у него была ошибка на Met1, сейчас такая:
_Fatal error:
Atom O3 in residue HIS 9... Anastasia Rachkova

13:59 Production #450: Стартовые системы: С чем конкретно ложится? Alexander Zlobin

17:36 Production #450: Стартовые системы: Файл с фосфогистидином сделала, но на команде _pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_processed.gro -ignh_ ложитс... Anastasia Rachkova

Also available in: Atom