Activity
From 22.10.2021 to 20.11.2021
15.11.2021
-
01:31 Production #450: Стартовые системы
- Для 2,3-фосфоглицератов заряд ставила -5, для остальных -4. Рисовала все ручками в Авогадро.
Файлы лежат в папке /ho...
13.11.2021
-
12:25 Production #450: Стартовые системы
- Фосфорилированные остатки в поле добавил. Теперь достаточно остатку иметь нужное название и атомы фосфора и фосфориль...
10.11.2021
-
- Итоги встречи 10 ноября:
-текстовые файлы надо всегда смотреть и проверять ручками
-чтобы юзать поле, можно просто... -
- PDB Burchodelii 3ezn - удалила одну из цепей, гликоли удалила, воду оставила.
*pdbfixer 3ezn_Achain.pdb --output=...
03.11.2021
-
- А путь-то какой к файлам? Где они лежат?
02.11.2021
-
- Сделала общий файл "3ezn_rdpg.gro" с координатами.
Потом делала ячейку и заливала ее водой:
*gmx editconf -f 3ezn_...
01.11.2021
-
- Спасибо! pdb сделала, двигаюсь дальше.
31.10.2021
-
- Режим editing в Pymol
Ctrl + ПКМ, щелчок по связи и зажать - будет вращение той группы, к которой ближе вы щелкнули. -
- У меня какой-то фейл с тем, чтобы вращать остатки амидов, делаю это не по-русски. Вы не подскажете еще раз, пожалуйст...
28.10.2021
-
- Подготовка корректных систем - половина успешности моделирования, так что да, каким бы ни было унылым, делать приходи...
27.10.2021
-
- У меня небыстро продвигается с ручной обработкой гистидинов и аспарагинов с глутаминами. Хочу к 30 ноября доделать на...
-
- Привет, апдейтни по подготовке систем, пожалуйста. Когда смогу их посмотреть и обсудить?
И следи за своевременным об...
Also available in: Atom