Activity
From 24.09.2021 to 23.10.2021
11.10.2021
-
21:17 Production #450: Стартовые системы
- Взяла новое поле и пофиксила глутамин 38 (pdbfixer'ом), команда:
_gmx pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_proc...
07.10.2021
-
15:09 Production #450 (In Progress): Стартовые системы
- Такс
Во-первых, поле 03 очень древнее - на это намекает цифра 03, то бишь 2003 год. Что брать - ff19sb. Как это де... -
- За основу фермента взяла белок из 3EZN буркходелии, очистила его от воды и гликолей.
Хотела бахнуть pdb2gmx (поле am... -
- Сделаны параметры для субстратов - обоих стереоизомеров. Далее нужно
1) сделать системы комплексов
2) сделать мини...
01.10.2021
-
- Решено пока оставить Bespoke-fit в покое и сделать все с помощью GAFF.
27.09.2021
-
- Сравнить по литературным данным тулы для генерации параметров для малых молекул и выбрать тот, что больше подходит.
Also available in: Atom