commit 98eeffdf642e821238520fd5b5d724b7bafeaced Author: Andrey Golovin Date: Fri Nov 3 13:23:16 2017 +0300 Initial, test html diff --git a/example/ipymol-kodomo.html b/example/ipymol-kodomo.html new file mode 100644 index 0000000..b846208 --- /dev/null +++ b/example/ipymol-kodomo.html @@ -0,0 +1,6105 @@ + + + + + +Notebook + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+
+ +
+
+
+
+
+

Использование PyMol и ipython notebook на kodomo

+
+
+
+ +
+
+
+
+
+
    +

  1. Зайдите на kodomo, в Linux:

    +
    ssh -Y ivanov@kodomo.cmm.msu.ru
    +

    В Windows:

    +
    plink -ssh -X  ivanov@kodomo.cmm.msu.ru
    2. +

  2. Перейдите в рабочую директорию и запустите ipython notebook:

    +
    ipython notebook --no-browser
    +

    Вы увидете среди прочего надпись типа :

    +
    The IPython Notebook is running at: http://127.0.0.1:8888
    3. +

  3. Надо запомнить номер порта, в даном случае это 8888 и создать тоннель в новом окне в Linux:

    +
    ssh -L 8888:localhost:XXXX ivanov@kodomo.cmm.msu.ru
    +

    В Windows:

    +
    plink -ssh -L  8888:localhost:XXXX ivanov@kodomo.cmm.msu.ru
    +

    Где ХХХХ это номер порта выведенный при запуске IPython Notebook

    4. +

  4. Запустите browser и введите адрес localhost:8888

    5. +
+
+
+
+
+
+
+In [1]: +
+
+
+
from xmlrpclib import ServerProxy
+from IPython.display import Image
+import os, sys
+
+ +
+
+
+ +
+
+
+
+In [2]: +
+
+
+
# pymol launching
+import __main__
+
+__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]
+
+### Если вывод в графическое окно тормозит или не нужен, то:
+##__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp' ]
+
+
+import pymol
+ 
+pymol.finish_launching()
+ 
+from pymol import cmd
+
+### Информацию об ошибках можно смотреть там где запускали  ipython notebook
+
+ +
+
+
+ +
+
+
+
+In [3]: +
+
+
+
### Будем вставлять файлы изображений 
+
+from IPython.display import Image
+
+ +
+
+
+ +
+
+
+
+In [26]: +
+
+
+
cmd.delete('all')
+cmd.fetch('1lmp')
+
+ +
+
+
+ +
+
+
+
+In [27]: +
+
+
+
## А можно не париться c cmd
+cmd.do('''
+bg_color white
+remove solvent
+extract ligands,het
+as surface, 1lmp
+set transparency,0.5
+as sticks, ligands
+show stick, byres(1lmp w. 4 of ligands)
+center ligands
+origin ligands
+zoom ligands
+dist hbo,1lmp,ligands,3.2,mode=2
+ray
+png pic1.png
+''')
+
+ +
+
+
+ +
+
+
+
+In [28]: +
+
+
+
## Если не хотим указывать полный путь к файлу то:
+Image(filename='pic1.png')
+
+ +
+
+
+ +
+
+ + +
+ Out[28]:
+ + +
+ +
+ +
+ +
+
+ +
+
+
+
+
+
+

###.......

+
+
+
+ +
+
+
+
+
+

Profit!!

+
+
+
+ +
+
+ +