Tip4
Version 1 (Andrey Golovin, 30.04.2013 17:31)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | h1. Подсказки |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | * Последовательность из pdb файла удобно найти, используя сайт банка PDB. |
| 4 | 1 | Andrey Golovin | * Программе ClustalW сразу укажите формат выравнивания PIR. |
| 5 | 1 | Andrey Golovin | * Для поиска контактирующих атомов используйте RASMOL/PyMol. Напоминаем синтаксис: select within( 3. , NAG) and not HOH |
| 6 | 1 | Andrey Golovin | * Для поиска номеров остатков, которые будут контактировать с лигандом в Вашей модели можно воспользоваться GeneDoc. |
| 7 | 1 | Andrey Golovin | * Для выполнения команды моделирования зайдите на kodomo с помощью putty. Все входные файлы для моделирования сохраните в Unix-формате с помощью FAR (Shift+F3) |