Подсказки¶

• Последовательность из pdb файла удобно найти, используя сайт банка PDB.
• Программе ClustalW сразу укажите формат выравнивания PIR.
• Для поиска контактирующих атомов используйте RASMOL/PyMol. Напоминаем синтаксис: select within( 3. , NAG) and not HOH
• Для поиска номеров остатков, которые будут контактировать с лигандом в Вашей модели можно воспользоваться GeneDoc.
• Для выполнения команды моделирования зайдите на kodomo с помощью putty. Все входные файлы для моделирования сохраните в Unix-формате с помощью FAR (Shift+F3)