Strbio
Version 1 (Andrey Golovin, 04.11.2014 23:30)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | h1. Структурная Биоинформатика |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | {{toc}} |
| 4 | 1 | Andrey Golovin | |
| 5 | 1 | Andrey Golovin | h2. Общая информация |
| 6 | 1 | Andrey Golovin | |
| 7 | 1 | Andrey Golovin | *Преподаватель*: |
| 8 | 1 | Andrey Golovin | |
| 9 | 1 | Andrey Golovin | Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ |
| 10 | 1 | Andrey Golovin | |
| 11 | 1 | Andrey Golovin | E-mail: golovin@genebee.msu.ru |
| 12 | 1 | Andrey Golovin | |
| 13 | 1 | Andrey Golovin | h2. Результаты самостоятельной работы. |
| 14 | 1 | Andrey Golovin | |
| 15 | 1 | Andrey Golovin | Результаты выполнения домашних заданий отмечаются в общедоступном файле google таблиц: |
| 16 | 1 | Andrey Golovin | https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdFN3Y2loOWlyTlRLdThibllrbEZmdVE#gid=1 |
| 17 | 1 | Andrey Golovin | |
| 18 | 1 | Andrey Golovin | h2. Вопросы к зачёту |
| 19 | 1 | Andrey Golovin | |
| 20 | 1 | Andrey Golovin | [[Qest|Вопросы к устному зачёту через google talks]] |
| 21 | 1 | Andrey Golovin | |
| 22 | 1 | Andrey Golovin | Время зачёта согласуется по почте. |
| 23 | 1 | Andrey Golovin | |
| 24 | 1 | Andrey Golovin | |
| 25 | 1 | Andrey Golovin | h2. Программа курса «Структурная биоинформатика». |
| 26 | 1 | Andrey Golovin | |
| 27 | 1 | Andrey Golovin | # Строение белков. Структуры. Банки Структур PDB |
| 28 | 1 | Andrey Golovin | # PyMol, инструмент визуализации структур. |
| 29 | 1 | Andrey Golovin | # Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) |
| 30 | 1 | Andrey Golovin | # Предсказание и определение вторичной структуры белка. |
| 31 | 1 | Andrey Golovin | # Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки. |
| 32 | 1 | Andrey Golovin | # Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit |
| 33 | 1 | Andrey Golovin | # Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking. |
| 34 | 1 | Andrey Golovin | # Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP |
| 35 | 1 | Andrey Golovin | # Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии |
| 36 | 1 | Andrey Golovin | # Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул. |
| 37 | 1 | Andrey Golovin | |
| 38 | 1 | Andrey Golovin | |
| 39 | 1 | Andrey Golovin | h2. Видеозапись и презентации к лекциям |
| 40 | 1 | Andrey Golovin | |
| 41 | 1 | Andrey Golovin | *Лекция 1.* Строение белков. Структура и организация. {{dmsf(217, Презентация)}} |
| 42 | 1 | Andrey Golovin | |
| 43 | 1 | Andrey Golovin | *Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. {{dmsf(218, Презентация)}} |
| 44 | 1 | Andrey Golovin | |
| 45 | 1 | Andrey Golovin | *Лекция 3.* Банки биологических данных (Genebank, Uniprot, SRS, PubMed, Procite, Go) {{dmsf(249, Презентация)}} |
| 46 | 1 | Andrey Golovin | |
| 47 | 1 | Andrey Golovin | *Лекция 4.* Предсказание вторичной структуры белка.{{dmsf(13, Презентация)}} |
| 48 | 1 | Andrey Golovin | |
| 49 | 1 | Andrey Golovin | *Лекция 5.* Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. {{dmsf(14, Презентация)}} |
| 50 | 1 | Andrey Golovin | |
| 51 | 1 | Andrey Golovin | *Лекция 6.* Молекулярная динамика. Моделирование самосборки белка.{{dmsf(18, Презентация)}} |
| 52 | 1 | Andrey Golovin | |
| 53 | 1 | Andrey Golovin | *Лекция 7.* Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. {{dmsf(16, Презентация)}} |
| 54 | 1 | Andrey Golovin | |
| 55 | 1 | Andrey Golovin | *Лекция 8.* Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP.{{dmsf(17, Презентация)}} |
| 56 | 1 | Andrey Golovin | |
| 57 | 1 | Andrey Golovin | *Лекция 9.* Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.{{dmsf(19, Презентация)}} |
| 58 | 1 | Andrey Golovin | |
| 59 | 1 | Andrey Golovin | *Лекция 10.* Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.{{dmsf(22, Презентация)}} / {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}} |
| 60 | 1 | Andrey Golovin | |
| 61 | 1 | Andrey Golovin | h2. Домашние задания |
| 62 | 1 | Andrey Golovin | |
| 63 | 1 | Andrey Golovin | |
| 64 | 1 | Andrey Golovin | |
| 65 | 1 | Andrey Golovin | * [[Shad/Task1| Занятие 1]] |
| 66 | 1 | Andrey Golovin | * [[Shad/Task2| Занятие 2]] |
| 67 | 1 | Andrey Golovin | ** [[Shad/Task2QA | Ответы на вопросы ]] |
| 68 | 1 | Andrey Golovin | * [[Chem/Task3| Занятие 3]] |
| 69 | 1 | Andrey Golovin | * [[Shad/Task3| Занятие 4]] |
| 70 | 1 | Andrey Golovin | * [[Shad/Task4| Занятие 5]] |
| 71 | 1 | Andrey Golovin | * [[Shad/Task6| Занятие 6]] |
| 72 | 1 | Andrey Golovin | * [[Shad/Task7| Занятие 7]] |
| 73 | 1 | Andrey Golovin | * [[Shad/Task8| Занятие 8]] |
| 74 | 1 | Andrey Golovin | * [[Shad/Task9| Занятие 9]] |
| 75 | 1 | Andrey Golovin | * [[Shad/Task12| Занятие 10]] |
| 76 | 1 | Andrey Golovin | |
| 77 | 1 | Andrey Golovin | |
| 78 | 1 | Andrey Golovin | h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу. |
| 79 | 1 | Andrey Golovin | |
| 80 | 1 | Andrey Golovin | Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все. |
| 81 | 1 | Andrey Golovin | |
| 82 | 1 | Andrey Golovin | h2. Рекомендованная литература |