Edit History

Wiki »

Sirius5

Version 2 (Arthur Zalevsky, 23.10.2016 13:58)

1 1 Arthur Zalevsky 
h1. Задания
2 1 Arthur Zalevsky 





    3
    1
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 1





    4
    1
    Arthur Zalevsky
    





    5
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Лекция о структурной биоинформатике





    6
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Знакомство





    7
    2
    Arthur Zalevsky
    
* Формулы химических веществ, IUPAC





    8
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Познакомтесь с "редактором":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html формул





    9
    1
    Arthur Zalevsky
    





    10
    1
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 2





    11
    1
    Arthur Zalevsky
    





    12
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Выберите несколько лекарств из "Перечня":http://government.ru/media/files/MzyV0Mmm2FoDAP7AWAAVLLpjoLoiShib.pdf жизненноважных препаратов и попробуйте:





    13
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Найти их описания





    14
    1
    Arthur Zalevsky
    
* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами





    15
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами





    16
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию





    17
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Попробуйте сохранить изображения ваших веществ





    18
    2
    Arthur Zalevsky
    
* Формулы химических веществ, SMILES





    19
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации





    20
    2
    Arthur Zalevsky
    
* Поиск в базах данных "PubChem":https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/, "ChemSpider":http://www.chemspider.com/





    21
    1
    Arthur Zalevsky
    





    22
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Введение в Докинг





    23
    1
    Arthur Zalevsky
    





    24
    1
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 3





    25
    1
    Arthur Zalevsky
    





    26
    2
    Arthur Zalevsky
    
* 3D структуры химических соединений





    27
    2
    Arthur Zalevsky
    
* Попробуйте построить соединения из Дня 2 в программе "avogadro":http://avogadro.cc/wiki/Main_Page





    28
    2
    Arthur Zalevsky
    
* Попробуйте пользоваться готовыми блоками (Build -> insert -> Fragment)





    29
    2
    Arthur Zalevsky
    
* А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (Build -> insert -> SMILES). Что было быстрее?





    30
    2
    Arthur Zalevsky
    





    31
    2
    Arthur Zalevsky
    
* А теперь давайте попробуем сделать докинг





    32
    2
    Arthur Zalevsky
    
* В банке "PDB":http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do найдите структуру мишени, например 3jut





    33
    2
    Arthur Zalevsky
    





    34
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Посмотрите на ваш белок: 





    35
    1
    Arthur Zalevsky
    





    36
    1
    Arthur Zalevsky
    
<pre>pymol 3jut.pdb</pre>





    37
    1
    Arthur Zalevsky
    





    38
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Подготовьте мишень к докингу:





    39
    1
    Arthur Zalevsky
    





    40
    1
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    41
    1
    Arthur Zalevsky
    
genbox.py 3jut.pdb





    42
    1
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb





    43
    1
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    44
    1
    Arthur Zalevsky
    





    45
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Подготовьте мишень к докингу (помните про pH!):





    46
    1
    Arthur Zalevsky
    





    47
    1
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    48
    1
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb





    49
    1
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    50
    1
    Arthur Zalevsky
    





    51
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Проведите докинг при помощи AutodockVina





    52
    1
    Arthur Zalevsky
    





    53
    1
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    54
    1
    Arthur Zalevsky
    
vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt --out 3jut_aspirin_out.pdbqt





    55
    1
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    56
    1
    Arthur Zalevsky
    





    57
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Посмотрите глазами на результат





    58
    1
    Arthur Zalevsky
    





    59
    1
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    60
    1
    Arthur Zalevsky
    
pymol 3jut.pdb 3jut_aspirin_out.pdbqt





    61
    1
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    62
    1
    Arthur Zalevsky
    





    63
    1
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 4 





    64
    1
    Arthur Zalevsky
    





    65
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Получите структуру лучшего результата с лучшей энергией 





    66
    1
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    67
    1
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/process_VinaResult.py -r 2c4f.pdbqt -f aspirin_out.pdbqt





    68
    1
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/pdbqt_to_pdb.py -f aspirin_out_model1.pdbqt





    69
    1
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    70
    1
    Arthur Zalevsky
    





    71
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Сравните ваш результат и с литературой PDB ID:"3TCT":http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3TCT





    72
    1
    Arthur Zalevsky
    





    73
    1
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    74
    1
    Arthur Zalevsky
    
pymol 3jut.pdb aspirin_out_model1.pdb





    75
    1
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    76
    1
    Arthur Zalevsky
    





    77
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Получите изображение 





    78
    1
    Arthur Zalevsky
    





    79
    1
    Arthur Zalevsky
    
Самый простой вариант:





    80
    1
    Arthur Zalevsky
    





    81
    1
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    82
    1
    Arthur Zalevsky
    
as cartoon





    83
    1
    Arthur Zalevsky
    
show sticks residue JMS





    84
    1
    Arthur Zalevsky
    





    85
    1
    Arthur Zalevsky
    
set opaque_background, 0





    86
    1
    Arthur Zalevsky
    
ray





    87
    1
    Arthur Zalevsky
    
save pic.png





    88
    1
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    89
    1
    Arthur Zalevsky
    





    90
    1
    Arthur Zalevsky
    
* А теперь создайте мутантные варианты (по всем 4м цепям) и проведите докинг





    91
    1
    Arthur Zalevsky
    





    92
    1
    Arthur Zalevsky
    
 * Аминокислоту для мутанта выберите аминокислоту из "списка":http://vnd.kobic.re.kr/viewsnp.jsp?gene=TTR





    93
    1
    Arthur Zalevsky
    





    94
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Дополнительне материалы:





    95
    1
    Arthur Zalevsky
    
 





    96
    1
    Arthur Zalevsky
    
 * Презентация про "PyMol":http://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/218/download





    97
    1
    Arthur Zalevsky
    
 * Примеры "графиков":https://plot.ly/python/





    98
    1
    Arthur Zalevsky
    





    99
    1
    Arthur Zalevsky
    
 * Программы для монтажа видео:





    100
    1
    Arthur Zalevsky
    
  





    101
    1
    Arthur Zalevsky
    
  * "OBS":https://obsproject.com/





    102
    1
    Arthur Zalevsky
    
  * "Openshot":https://obsproject.com/