Задания¶

День 1¶

• Лекция о структурной биоинформатике
• Знакомство
• Формулы химических веществ, IUPAC, SMILES
• Познакомтесь с редактором формул

День 2¶

• Выберите несколько лекарств из Перечня жизненноважных препаратов и попробуйте:
• Найти их описания
• В редакторе cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами
• Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами
• Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию
• Попробуйте сохранить изображения ваших веществ
• Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации
• Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro
• А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее?

• Введение в Докинг

День 3¶

• Вашим токсином является домоевая кислота
• Получите для нее 2D и 3D изображения (а также полное имя и запись SMILES)
• Найдите информацию о токсине и его мишени
• В банке PDB найдите структуру мишения этого токсина
• Посмотрите на ваш белок:

pymol 3jut.pdb

* Подготовьте мишень к докингу:

<pre>

genbox.py 3jut.pdb
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb
</pre>

* Подготовьте мишень к докингу (помните про pH!):

<pre>
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb
</pre>

* Проведите докинг при помощи AutodockVina

<pre>

vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt
</pre>

* Посмотрите глазами на результат

<pre>

pymol 3jut.pdb aspirin_out.pdbqt
</pre>

h2. День 4 

Мы попробуем изучить влияние SNP, приводящих к несинонимичным заменам, на связывание лекарственного препарата Тафамид с его мишенью - Транстиретином.

* Подготовьте для докинга структуру "Тафамида":https://en.wikipedia.org/wiki/Tafamidis

 * Создайте (2D -> SMILES -> 3D) структуру вашего варианта  лиганда

* Подготовьте для докинга структуру "Транстиретина":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/ttr.pdb
* Проведите докинг лекарств в белок дикого типа
* Получите структуру лучшего результата с лучшей энергией 
<pre>
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/process_VinaResult.py -r 2c4f.pdbqt -f aspirin_out.pdbqt
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/pdbqt_to_pdb.py -f aspirin_out_model1.pdbqt
</pre>

* Сравните ваш результат и с литературой PDB ID:"3TCT":http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3TCT

<pre>
pymol 3jut.pdb aspirin_out_model1.pdb
</pre>

* Получите изображение 

Самый простой вариант:

<pre>
as cartoon
show sticks residue JMS

set opaque_background, 0
ray
save pic.png
</pre>

* А теперь создайте мутантные варианты (по всем 4м цепям) и проведите докинг

 * Аминокислоту для мутанта выберите аминокислоту из "списка":http://vnd.kobic.re.kr/viewsnp.jsp?gene=TTR

* Дополнительне материалы:

 * Презентация про "PyMol":http://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/218/download
 * Примеры "графиков":https://plot.ly/python/

 * Программы для монтажа видео:

  * "OBS":https://obsproject.com/
  * "Openshot":https://obsproject.com/

{{fnlist}}