ShadTask9

Version 3 (Andrey Golovin, 21.11.2013 17:48)

1 1 Andrey Golovin
2 1 Andrey Golovin
h1. Предсказание вторичной структуры РНК 
3 1 Andrey Golovin
4 1 Andrey Golovin
**Задание:** 
5 1 Andrey Golovin
Сравните методы предсказания вторичной структуры РНК и оцените степень достоверности разных алгоритмов предсказания.
6 1 Andrey Golovin
7 1 Andrey Golovin
Материалы и методы
8 1 Andrey Golovin
* Алгоритм Зукера, MFOLD, http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form
9 1 Andrey Golovin
* RNAfold из Viena RNA package, http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi
10 1 Andrey Golovin
* ContraFold http://contra.stanford.edu/contrafold/server.html 
11 1 Andrey Golovin
* Банк данных о семействах РНК,RFAM,  http://rfam.sanger.ac.uk
12 1 Andrey Golovin
* Выравнивание последовательностей РНК,  http://bioinf.fbb.msu.ru/RNAAlign/input.jsp
13 1 Andrey Golovin
14 1 Andrey Golovin
Выполнение: 
15 1 Andrey Golovin
# Постройте структуру для последовательности: GGGCCCGUGGUCUAGUUGGUCAUGACGCCGCCCUUACGAGGCGGAGGUCCGGGGUUCAAGUCCCCGCGGGCCCACCA, используя:
16 1 Andrey Golovin
** Mfold , http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form
17 1 Andrey Golovin
** Viena RNA package  http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi
18 1 Andrey Golovin
** ContraFold http://contra.stanford.edu/contrafold/server.html   
19 1 Andrey Golovin
Все предложенные сервисы имеют близкий интерфейс. Пользователь вводит в форму последовательность и запускает сервис.
20 1 Andrey Golovin
# Сравните предсказанные вторичные структуры с результатами поиска последовательности по базе данных семейств РНК,RFAM. Вероятно ответ не будет совпадать со результатами предсказания вторичной структуры.
21 1 Andrey Golovin
# Сделайте предсказание вторичной структуры вашей последовательности РНК на основе выравнивания с гомологами из банка RFAM. На сайте RFAM сгенерируйте seed выравнивание для найденного семейства в fasta формате без гэпов. Создайте текстовой файл fasta формата примерного содержания:
22 1 Andrey Golovin
<pre>
23 1 Andrey Golovin
>x1
24 1 Andrey Golovin
GGGCCCGUGGUCUAGUUGGUCAUGACGCCGCCCUUACGAGGCGGAGGUCCGGGGUUCAAGUCCCCGCGGGCCCACCA
25 1 Andrey Golovin
>х2
26 1 Andrey Golovin
GGG...
27 1 Andrey Golovin
</pre>
28 1 Andrey Golovin
где будут указаны три последовательности из seed выравнивания из банка RFAM.
29 1 Andrey Golovin
** Постройте выравнивание из этих последовательностей используя страницу запроса на http://bioinf.fbb.msu.ru/RNAAlign/input.jsp 
30 1 Andrey Golovin
** Получите выравнивание и скопируйте его в текстовый файл, удалите знаки табуляции.
31 1 Andrey Golovin
** Постройте вторичную структуру на основе полученного выравнивания на RNAalifold на сервере http://rna.tbi.univie.ac.at/ .
32 1 Andrey Golovin
# Изучите другие возможности серверов из пакета Viena RNA package на http://rna.tbi.univie.ac.at/ 
33 2 Andrey Golovin
# Попробуйте построить третичную структуру вашей тРНК с попмощью: http://dualopt1.cmm.msu.ru/