Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Предсказание вторичной структуры РНК

**Задание:**
Сравните методы предсказания вторичной структуры РНК и оцените степень достоверности разных алгоритмов предсказания.

Материалы и методы
* Алгоритм Зукера, MFOLD, http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form
* RNAfold из Viena RNA package, http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi
* ContraFold http://contra.stanford.edu/contrafold/server.html
* Банк данных о семействах РНК,RFAM, http://rfam.sanger.ac.uk
* Выравнивание последовательностей РНК, http://bioinf.fbb.msu.ru/RNAAlign/input.jsp

Выполнение:
# Постройте структуру для последовательности: GGGCCCGUGGUCUAGUUGGUCAUGACGCCGCCCUUACGAGGCGGAGGUCCGGGGUUCAAGUCCCCGCGGGCCCACCA, используя:
** Mfold , http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form
** Viena RNA package http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi
** ContraFold http://contra.stanford.edu/contrafold/server.html
Все предложенные сервисы имеют близкий интерфейс. Пользователь вводит в форму последовательность и запускает сервис.
# Сравните предсказанные вторичные структуры с результатами поиска последовательности по базе данных семейств РНК,RFAM. Вероятно ответ не будет совпадать со результатами предсказания вторичной структуры.
# Сделайте предсказание вторичной структуры вашей последовательности РНК на основе выравнивания с гомологами из банка RFAM. На сайте RFAM сгенерируйте seed выравнивание для найденного семейства в fasta формате без гэпов. Создайте текстовой файл fasta формата примерного содержания:
<pre>
>x1
GGGCCCGUGGUCUAGUUGGUCAUGACGCCGCCCUUACGAGGCGGAGGUCCGGGGUUCAAGUCCCCGCGGGCCCACCA
>х2
GGG...
</pre>
где будут указаны три последовательности из seed выравнивания из банка RFAM.
** Постройте выравнивание из этих последовательностей используя страницу запроса на http://bioinf.fbb.msu.ru/RNAAlign/input.jsp
** Получите выравнивание и скопируйте его в текстовый файл, удалите знаки табуляции.
** Постройте вторичную структуру на основе полученного выравнивания на RNAalifold на сервере http://rna.tbi.univie.ac.at/ .
# Изучите другие возможности серверов из пакета Viena RNA package на http://rna.tbi.univie.ac.at/

# Попробуйте построить третичную структуру вашей тРНК с попмощью: http://dualopt1.cmm.msu.ru/