Edit History

Wiki » Chem »

ShadTask9

Version 2 (Andrey Golovin, 21.11.2013 17:47)

1 1 Andrey Golovin 





    2
    1
    Andrey Golovin
    
h1. Предсказание вторичной структуры РНК 





    3
    1
    Andrey Golovin
    





    4
    1
    Andrey Golovin
    
**Задание:** 





    5
    1
    Andrey Golovin
    
Сравните методы предсказания вторичной структуры РНК и оцените степень достоверности разных алгоритмов предсказания.





    6
    1
    Andrey Golovin
    





    7
    1
    Andrey Golovin
    
Материалы и методы





    8
    1
    Andrey Golovin
    
* Алгоритм Зукера, MFOLD, http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form





    9
    1
    Andrey Golovin
    
* RNAfold из Viena RNA package, http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi





    10
    1
    Andrey Golovin
    
* ContraFold http://contra.stanford.edu/contrafold/server.html 





    11
    1
    Andrey Golovin
    
* Банк данных о семействах РНК,RFAM,  http://rfam.sanger.ac.uk





    12
    1
    Andrey Golovin
    
* Выравнивание последовательностей РНК,  http://bioinf.fbb.msu.ru/RNAAlign/input.jsp





    13
    1
    Andrey Golovin
    





    14
    1
    Andrey Golovin
    
Выполнение: 





    15
    1
    Andrey Golovin
    
# Постройте структуру для последовательности: GGGCCCGUGGUCUAGUUGGUCAUGACGCCGCCCUUACGAGGCGGAGGUCCGGGGUUCAAGUCCCCGCGGGCCCACCA, используя:





    16
    1
    Andrey Golovin
    
** Mfold , http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form





    17
    1
    Andrey Golovin
    
** Viena RNA package  http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi





    18
    1
    Andrey Golovin
    
** ContraFold http://contra.stanford.edu/contrafold/server.html   





    19
    1
    Andrey Golovin
    
Все предложенные сервисы имеют близкий интерфейс. Пользователь вводит в форму последовательность и запускает сервис.





    20
    1
    Andrey Golovin
    
# Сравните предсказанные вторичные структуры с результатами поиска последовательности по базе данных семейств РНК,RFAM. Вероятно ответ не будет совпадать со результатами предсказания вторичной структуры.





    21
    1
    Andrey Golovin
    
# Сделайте предсказание вторичной структуры вашей последовательности РНК на основе выравнивания с гомологами из банка RFAM. На сайте RFAM сгенерируйте seed выравнивание для найденного семейства в fasta формате без гэпов. Создайте текстовой файл fasta формата примерного содержания:





    22
    1
    Andrey Golovin
    
<pre>





    23
    1
    Andrey Golovin
    
>x1





    24
    1
    Andrey Golovin
    
GGGCCCGUGGUCUAGUUGGUCAUGACGCCGCCCUUACGAGGCGGAGGUCCGGGGUUCAAGUCCCCGCGGGCCCACCA





    25
    1
    Andrey Golovin
    
>х2





    26
    1
    Andrey Golovin
    
GGG...





    27
    1
    Andrey Golovin
    
</pre>





    28
    1
    Andrey Golovin
    
где будут указаны три последовательности из seed выравнивания из банка RFAM.





    29
    1
    Andrey Golovin
    
** Постройте выравнивание из этих последовательностей используя страницу запроса на http://bioinf.fbb.msu.ru/RNAAlign/input.jsp 





    30
    1
    Andrey Golovin
    
** Получите выравнивание и скопируйте его в текстовый файл, удалите знаки табуляции.





    31
    1
    Andrey Golovin
    
** Постройте вторичную структуру на основе полученного выравнивания на RNAalifold на сервере http://rna.tbi.univie.ac.at/ .





    32
    1
    Andrey Golovin
    
# Изучите другие возможности серверов из пакета Viena RNA package на http://rna.tbi.univie.ac.at/ 





    33
    2
    Andrey Golovin
    





    34
    2
    Andrey Golovin
    
# Попробуйте построить третичную структуру вашей тРНК с попмощью: http://dualopt1.cmm.msu.ru/