Упражнения по SCOP и CATH¶

Определите классификацию доменов записи PDB 1LMP согласно SCOP. Для каждого домена приведите следующие сведения:

• Положение в своей структуре (цепь, координаты). Если есть несколько идентичных доменов, приведите все.
• Классификация по SCOP (класс, укладка, суперсемейство, семейство).
• Сколько семейств содержится в данном суперсемействе?
• Сколько суперсемейств имеет данную укладку?

Для того же белка, для которого вы описали классификацию SCOP, определите классификацию доменов согласно CATH. Для каждого домена приведите следующие сведения:

• Положение в своей структуре (цепь, координаты).
• Классификация по CATH (вида "3.40.50.2300.49.1.1.1.4").
• Названия класса, архитектуры, топологии, суперсемейства и семейства (если таковые есть).
• Сколько семейств содержится в данном суперсемействе?
• Сколько суперсемейств имеет данную топологию?

Постарайтесь описать различия между CATH и SCOP в описании вашего домена (если различий нет, то убедитесь в этом и укажите в отчёте).
Например, если домены выделены по-разному, то как именно соотносятся два способа выделения доменов? Если какому-то домену SCOP более или менее однозначно отвечает домен CATH, то сравните их классификации. В частности, существует ли домен, который относится к тому же суперсемейству (или укладке) в SCOP, но не входит в то же суперсемейство (топологию) CATH (или наоборот)? Если да, то попытайтесь разобраться, почему.

(повторение пройденного) Создайте выравнивание каких-нибудь двух доменов (не тех же самых, что в упражнении 2 занятия 11!) с одной укладкой по SCOP (или топологией по CATH), но из разных суперсемейств. Приведите картинку с совмещением и изложите свои впечатления.