ShadTask8
Version 1 (Andrey Golovin, 20.11.2013 18:53)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | h1. Упражнения по SCOP и CATH |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | |
| 4 | 1 | Andrey Golovin | Определите классификацию доменов записи PDB 1LMP согласно SCOP. Для каждого домена приведите следующие сведения: |
| 5 | 1 | Andrey Golovin | * Положение в своей структуре (цепь, координаты). Если есть несколько идентичных доменов, приведите все. |
| 6 | 1 | Andrey Golovin | * Классификация по SCOP (класс, укладка, суперсемейство, семейство). |
| 7 | 1 | Andrey Golovin | * Сколько семейств содержится в данном суперсемействе? |
| 8 | 1 | Andrey Golovin | * Сколько суперсемейств имеет данную укладку? |
| 9 | 1 | Andrey Golovin | |
| 10 | 1 | Andrey Golovin | Для того же белка, для которого вы описали классификацию SCOP, определите классификацию доменов согласно CATH. Для каждого домена приведите следующие сведения: |
| 11 | 1 | Andrey Golovin | * Положение в своей структуре (цепь, координаты). |
| 12 | 1 | Andrey Golovin | * Классификация по CATH (вида "3.40.50.2300.49.1.1.1.4"). |
| 13 | 1 | Andrey Golovin | * Названия класса, архитектуры, топологии, суперсемейства и семейства (если таковые есть). |
| 14 | 1 | Andrey Golovin | * Сколько семейств содержится в данном суперсемействе? |
| 15 | 1 | Andrey Golovin | * Сколько суперсемейств имеет данную топологию? |
| 16 | 1 | Andrey Golovin | |
| 17 | 1 | Andrey Golovin | Постарайтесь описать различия между CATH и SCOP в описании вашего домена (если различий нет, то убедитесь в этом и укажите в отчёте). |
| 18 | 1 | Andrey Golovin | Например, если домены выделены по-разному, то как именно соотносятся два способа выделения доменов? Если какому-то домену SCOP более или менее однозначно отвечает домен CATH, то сравните их классификации. В частности, существует ли домен, который относится к тому же суперсемейству (или укладке) в SCOP, но не входит в то же суперсемейство (топологию) CATH (или наоборот)? Если да, то попытайтесь разобраться, почему. |
| 19 | 1 | Andrey Golovin | |
| 20 | 1 | Andrey Golovin | |
| 21 | 1 | Andrey Golovin | |
| 22 | 1 | Andrey Golovin | (повторение пройденного) Создайте выравнивание каких-нибудь двух доменов (не тех же самых, что в упражнении 2 занятия 11!) с одной укладкой по SCOP (или топологией по CATH), но из разных суперсемейств. Приведите картинку с совмещением и изложите свои впечатления. |