Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Ответы на вопросы о заданиях про Pymol

*Q1:* PyMol отказывается загружать файлы с расширением pdb, говорит следующее:

  File "C:\Python27\lib\site-packages\pmg_tk\skins\normal\__init__.py", line 597, in file_open

    print "Error: unable to open file '%s'"%ofile

<type 'exceptions.UnicodeEncodeError'>: 'ascii' codec can't encode characters in position 54-59: ordinal not in range(128)"

*A1:* Обычно такие проблемы при открытие файла возникают при использовании кириллицы в пути к файлу

*Q2:* Пытался сделать самое первое задание (написать скрипт, порождающий разные картинки). Столкнулся с проблемой возможности увидеть эти картинки, он показывает только самую последнюю.

Нет ли такой команды которая заставляла бы программу на некоторое время задерживать изображение на экране?

*A2:* В гугле легко найти как ставить паузу в python (про time.sleep):

<pre><code class="python">

as cartoon,all

refresh

python

import time

time.sleep(5)

python end

as lines,all

refresh

</code></pre>

*Q3:* не получается скачивать pdb файлы непосредственно через PyMol, но ругается :"

*A3:* Попробуйте запускать Pymol из директории Python на диске С, это вероятно опять кириллица в пути к рабочей директории.

*Q4:* Команда mview store сохраняет положение  объекта и камеры, но не позволяет сохранять изменений в отображении объекта?

*A4:* Это делается через понятие scene, пример скрипта :

<pre><code class="python">

mset 1 x90

# load a trypotphan fragment

frag trp

# Tell PyMOL to call this current view '00X'.

color red,trp

as lines

scene 001, store

as sticks

color blue,trp

scene 002, store

as spheres

color green,trp

scene 003, store

as dots

color gray,trp

scene 004, store

as surface

color pink,trp

scene 005, store

# goto frame X and store this scene & camera

frame 1

mview store, scene=001

frame 18

mview store, scene=002

frame 36

mview store, scene=003

frame 54

mview store, scene=004

frame 72

mview store, scene=005

mview reinterpolate

mplay

</code></pre>

*Q5:* Cудя по всему pyton отказывается воспринимать команды pymolа, подскажите пожалуйста как быть?

*A5:* В Python команды Pymol вызываются через api, т.е. select resi 1 => cmd.select("resi 1")

*Q6:* В подсказках есть функция load, о мы ей загружаем, исходные белок и его же с заменённой аминокислотой? я пытался сделать так, но оно объединяет их 1 объект и показывает только как State 1 и 2. 

*A6:* При загрузке можно указать имя объекта в который загрузится файл: 

<pre><code class="python">

load native.pdb,nat 

load mutation.pdb,mut

</code></pre>

*Q7:* Напомните , пожалуйста, как выделять лиганд из 2х молекул ( select all and hetatm ....) 

*A7:* Ознакомтесь с http://www.pymolwiki.org/index.php/Single-word_Selectors http://www.pymolwiki.org/index.php/Selection_Algebra