Работа с Pymol¶

Это занятие и последующие содержат задачи и только некторые подсказки. Основной источник информации для Вас это документация к программам. В данном случае это сайт PymolWiki .

Подсказки к заданию . Поработайте в PyMOL с записью 1LMP банка PDB. Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.

Основное задание¶

1. Оцените возможности Sculpting, в Wizard->Demo->Sculpting
2. Используюя select within найдите водородные связи которыми белок связывает лиганд. Опишите эти возможные другие взаимодействия белка с лигандом. Попробуйте поискать альтернативный способ поиска водородных связей.
3. Средствами Tcl/Tk интерфейса Wizard->Mutagenesis проведите мутацию в белке, которая по вашему мнению должна привести к потере связывания с лигандом.
4. Используя команды mset, mview, super, translate создайте анимационный ролик mpeg где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание на указания в object motions на http://www.pymolwiki.org pymolwiki.
5. Приседените флуорусцентную метку TAMRA к белку через сложноэфирную связь. Используйте команды fuse и torsion.
6. Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот. Псевдо-код вы можете найти в подсказках.

Дополнительное задание.¶

1. Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Примерный код и ссылки Вы сможете найти в подсказках.
2. Совсем не обязательное, но бонусное задание это сделать красивый рендер на основе этого урока этого урока.

Работа и отчетность в jupiter notebook¶

Пример в виде HTML можно посмотреть [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/ipynb/intro.html|тут]].

Скачать этот пример для использования у себя можно [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/ipynb/intro.ipynb|здесь]].

Работа jupiter notebook и pymol на сервере без монитора¶

Пример в виде HTML можно посмотреть [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/ipynb/ipymol-kodomo.html|тут]].

Скачать этот пример для использования у себя можно [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/ipynb/ipymol-kodomo.ipynb|здесь]].