Работа с Pymol¶

Это занятие и последующие содержат задачи и только некторые подсказки. Основной источник информации для Вас это документация к программам. В данном случае это сайт ((http://www.pymolwiki.org PymolWiki.))!!

Подсказки к заданию https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Modelling/Shad2012/Task2/Help2. Поработайте в PyMOL с записью 1LMP банка PDB. Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.

1. Оцените возможности Sculpting, в Wizard->Demo->Sculpting
2. Используюя select within найдите водородные связи которыми белок связывает лиганд. Опишите эти возможные другие взаимодействия белка с лигандом.
3. Средствами Tcl/Tk интерфейса Wizard->Mutagenesis проведите мутацию в белке, которая по вашему мнению должна привести к потере связывания с лигандом.
4. Используя команды mset, mview, super, translate создайте анимационный ролик mpeg где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание на указания в object motions на http://www.pymolwiki.org pymolwiki.
5. Приседените флуорусцентную http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=2762604&loc=ec_rcs метку TAMRA к белку через сложноэфирную связь. Используйте команды fuse и torsion.
6. Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот. Псевдо-код вы можете найти в подсказках.
7. * Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Примерный код и ссылки Вы сможете найти в подсказках.
8. * Совсем не обязательное, но бонусное задание это сделать красивый рендер на основе https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Modelling/Blender этого урока.