Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Макромолекулярный докинг

Суть задания ознакомиться с программой ZDOCK и сделать предсказание о свзывании фрагмента антитела (VHH domain) c панкреатической альфа-амилазой.

# Вся работа будет происходить на shadbox (cм. предыдущие практикумы).
# Скопируем в рабочую директорию файлы amilase.pdb,camelid.pdb и uniCHARMM.
<pre>
cp ~/materials/zdock/* materials/zdock/* .
</pre>
# Обратите внимание, что в файле amilase.pdb есть некоторые водороды. Давайте добавим водороды к обеим pdb исполльзуя pdb2gmx.
Пример:
<pre>pdb2gmx -f мой.pdb -o мой_h.pdb -p</pre>
Используйте силовое поле Gromos. Опция *-ignh* позволит избежать ошибки об *unknown atoms*.
# С помощью утилиты *mark_sur* проведём препроцессинг файлов pdb.
Пример:
<pre>mark_sur my.pdb my_m.pdb</pre>
# Постарайтесь разобраться в том, что делает утилита *mark_sur*, внесите ваше предположение в отчёт.
# Прочитайте информацию об использовании *zdock* просто запустив его.
+ Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER +
# Запустите сам процесс докинга.
# Проведите предварительный анализ результатов докинга с помощью утилиты zrank:
<pre>zrank zdock.out 1 100</pre>
или
<pre>create.pl zdock.out
ls complex*pdb >list
zrank list
</pre>
# Визуально сравните результаты с известной структурой 1kxt.
# * Если Вас результат не устроил, попробуйте опцию **-D** программы **zdock**
# * Попробуйте найти в ваших результатах структуру наиболее близкую к результату РСА. Используйте скрипт на bash с использованием g_rms.