ShadTask12
Version 2 (Andrey Golovin, 27.11.2013 16:58)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | h1. Макромолекулярный докинг |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | |
| 4 | 1 | Andrey Golovin | Суть задания ознакомиться с программой ZDOCK и сделать предсказание о свзывании фрагмента антитела (VHH domain) c панкреатической альфа-амилазой. |
| 5 | 1 | Andrey Golovin | |
| 6 | 1 | Andrey Golovin | |
| 7 | 1 | Andrey Golovin | # Вся работа будет происходить на shadbox (cм. предыдущие практикумы). |
| 8 | 1 | Andrey Golovin | # Скопируем в рабочую директорию файлы amilase.pdb,camelid.pdb и uniCHARMM. |
| 9 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 10 | 2 | Andrey Golovin | cp ~/materials/zdock/* . |
| 11 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 12 | 1 | Andrey Golovin | # Обратите внимание, что в файле amilase.pdb есть некоторые водороды. Давайте добавим водороды к обеим pdb исполльзуя pdb2gmx. |
| 13 | 1 | Andrey Golovin | Пример: |
| 14 | 1 | Andrey Golovin | <pre>pdb2gmx -f мой.pdb -o мой_h.pdb -p</pre> |
| 15 | 1 | Andrey Golovin | Используйте силовое поле Gromos. Опция *-ignh* позволит избежать ошибки об *unknown atoms*. |
| 16 | 1 | Andrey Golovin | # С помощью утилиты *mark_sur* проведём препроцессинг файлов pdb. |
| 17 | 1 | Andrey Golovin | Пример: |
| 18 | 1 | Andrey Golovin | <pre>mark_sur my.pdb my_m.pdb</pre> |
| 19 | 1 | Andrey Golovin | # Постарайтесь разобраться в том, что делает утилита *mark_sur*, внесите ваше предположение в отчёт. |
| 20 | 1 | Andrey Golovin | # Прочитайте информацию об использовании *zdock* просто запустив его. |
| 21 | 1 | Andrey Golovin | + Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER + |
| 22 | 1 | Andrey Golovin | # Запустите сам процесс докинга. |
| 23 | 1 | Andrey Golovin | # Проведите предварительный анализ результатов докинга с помощью утилиты zrank: |
| 24 | 1 | Andrey Golovin | <pre>zrank zdock.out 1 100</pre> |
| 25 | 1 | Andrey Golovin | или |
| 26 | 1 | Andrey Golovin | <pre>create.pl zdock.out |
| 27 | 1 | Andrey Golovin | ls complex*pdb >list |
| 28 | 1 | Andrey Golovin | zrank list |
| 29 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 30 | 1 | Andrey Golovin | # Визуально сравните результаты с известной структурой 1kxt. |
| 31 | 1 | Andrey Golovin | # * Если Вас результат не устроил, попробуйте опцию **-D** программы **zdock** |
| 32 | 1 | Andrey Golovin | # * Попробуйте найти в ваших результатах структуру наиболее близкую к результату РСА. Используйте скрипт на bash с использованием g_rms. |