Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Структурная Биоинформатика в ШАД (Школа анализа данных Yandex)

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

Почта для заданий: G0L0VIN.ANDREY@yandex.ru

{{toc}}

h2. Результаты работ.

Update: Обновил результаты проверки работ, на сегодня только четыре человека сделали все задания.

текст ссылки на таблицу: https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdDBhYjY5c3pMZHJjd0g1WTlvcXh6a2c

"Результаты проверки заданий":https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdDBhYjY5c3pMZHJjd0g1WTlvcXh6a2c

h2. Программа курса «Структурная биоинформатика».


# Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
# PyMol, инструмент визуализации структур.
# Предсказание и определение вторичной структуры белка.
# Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
# Молекулярная механика. Силовые поля.
# Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
# Молекулярная динамика.
# Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
# Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
# Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
# Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
# ???? Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

h2. Презентации к лекциям

*Лекция 1.* Строение белков. Структура и организация. {{dmsf(11, Презентация)}}

*Лекция 2.* PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур. {{dmsf(12, Презентация)}}

**Лекция 3.** Предсказание вторичной структуры белка.{{dmsf(13, Презентация)}}

**Лекция 4.** Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки. {{dmsf(14, Презентация)}}

**Лекция 5.** Молекулярная механика. Силовые поля. {{dmsf(15, Презентация)}}

**Лекция 6.** Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика. {{dmsf(16, Презентация)}}

**Лекция 7.** Молекулярная динамика.{{dmsf(17, Презентация)}}

**Лекция 8.** Моделирование самосборки белка.{{dmsf(18, Презентация)}}

**Лекция 9.** Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.{{dmsf(19, Презентация)}}

**Лекция 10.** Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.{{dmsf(20, Презентация)}}

**Лекция 11.** Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.{{dmsf(21, Презентация)}}

**Лекция 12.** Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.{{dmsf(22, Презентация)}} / {{dmsf(23, Статья про ZDOCK)}}



h2. Домашние задания

- [[Shad/Task1 ((Shad/Task1 Занятие 1]] 1))
- [[Shad/Task2 ((Shad/Task2 Занятие 2]] 2))
- [[Shad/Task3 ((Shad/Task3 Занятие 3]] 3))
- [[Shad/Task4 ((Shad/Task4 Занятие 4]] 4))
- [[Shad/Task5 ((Shad/Task5 Занятие 5]] 5))
- [[Shad/Task6 ((Shad/Task6 Занятие 6]] 6))
- [[Shad/Task7 ((Shad/Task7 Занятие 7]] 7))
- [[Shad/Task8 ((Shad/Task8 Занятие 8]] 8))
- [[Shad/Task9 ((Shad/Task9 Занятие 9]] 9))
- [[Shad/Task10 ((Shad/Task10 Занятие 10]]
10))
- [[Shad/Task12 ((Shad/Task12 Занятие 12]]

12))

h2. Как выставляется итоговая оценка по курсу.

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все.

h2. Рекомендованная литература