Структурная Биоинформатика в ШАД (Школа анализа данных Yandex)¶

Андрей Головин, к.х.н., старший преподаватель факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

E-mail: golovin@genebee.msu.ru

Почта для заданий: G0L0VIN.ANDREY@yandex.ru

• Структурная Биоинформатика в ШАД (Школа анализа данных Yandex)
  • Результаты работ.
  • Программа курса «Структурная биоинформатика».
  • Презентации к лекциям
  • Домашние задания
  • Как выставляется итоговая оценка по курсу.
  • Рекомендованная литература

Результаты работ.¶

Update: Обновил результаты проверки работ, на сегодня только четыре человека сделали все задания.

текст ссылки на таблицу: https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AhhO7X4HYBtYdDBhYjY5c3pMZHJjd0g1WTlvcXh6a2c

Результаты проверки заданий

Программа курса «Структурная биоинформатика».¶

1. Строение белков. Аимнокислоты. Структуры. Банк PDB
2. PyMol, инструмент визуализации структур.
3. Предсказание и определение вторичной структуры белка.
4. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. предсказание укладки.
5. Молекулярная механика. Силовые поля.
6. Поиск новых биоактивных молекул. Химоинформатика, Docking.
7. Молекулярная динамика.
8. Моделирование фолдинга, REMD, REST, folding@home, foldit
9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии
10. Базы данных, SCOP, STING, MMDB, соревнование CASP
11. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
12. ???? Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.

Презентации к лекциям¶

Лекция 1. Строение белков. Структура и организация.
attachment:prez.pdf |Презентация, l1.pdf

Лекция 2. PyMOL как среда визуализации и редактирования 3D структур.
((file:l2.pdf Презентация, l2.pdf))

Лекция 3. Предсказание вторичной структуры белка.
((file:l3.pdf Презентация, l3.pdf))

Лекция 4. Предсказание третичной структуры белка по гомологии. Rosseta. Threading. Предсказание укладки.
((file:l4.pdf Презентация, l4.pdf))

Лекция 5. Молекулярная механика. Силовые поля.
((file:l5.pdf Презентация, l5.pdf))

Лекция 6. Поиск новых биоактивных молекул и химоинформатика.
((file:l6.pdf Презентация, l6.pdf))

Лекция 7. Молекулярная динамика.
((file:l7.pdf Презентация, l7.pdf))

Лекция 8. Моделирование самосборки белка.
((file:l8.pdf Презентация, l8.pdf))

Лекция 9. Строение НК. Вторичная структура РНК de novo и по гомологии.
((file:l9.pdf Презентация, l9.pdf))

Лекция 10. Базы данных: SCOP, CATH; соревнование CASP.
((file:l10.pdf Презентация, l10.pdf))

Лекция 11. Пространственные и упругие параметры ДНК как спирали. Гистоны и упаковка.
((file:l11.pdf Презентация, l11.pdf))

Лекция 12. Предсказание Белок-Белок и Белок-НК взаимодействий, докинг макромолекул.
((file:l12.pdf Презентация, l12.pdf)) ((file:chen_10.pdf Статья про ZDOCK))

Домашние задания¶

- ((StrBioinf/Task1 Занятие 1))
  - ((StrBioinf/Task2 Занятие 2))
  - ((StrBioinf/Task3 Занятие 3))
  - ((StrBioinf/Task4 Занятие 4))
  - ((StrBioinf/Task5 Занятие 5))
  - ((StrBioinf/Task6 Занятие 6))
  - ((StrBioinf/Task7 Занятие 7)) 
  - ((StrBioinf/Task8 Занятие 8)) 
  - ((StrBioinf/Task9 Занятие 9)) 
  - ((StrBioinf/Task10 Занятие 10))   
  - ((StrBioinf/Task12 Занятие 12))

Как выставляется итоговая оценка по курсу.¶

Достаточно здать все практикумы на тройку. Обязательно все.

Рекомендованная литература¶