файл праметров для молекулярной динамики [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/md.mdp| md.mdp ]].
скачайте их в рабочую директорию.
1.#3 Скопируйте файлы. Зайдите на удалённую машину через Putty и перейдите в рабочую директорию.
cd Ivanov/md
1.#4 На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами.
genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4
c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol.
1.#5 В текстовом редакторе в файле b.top установите правильное количество липидов в системе.
1. Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды.
editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5
1.#7 Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты молекул.
grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2
mdrun -deffnm b_em -v
Отметье в отчёте изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы.
1.#8 Добавим в ячейку молекулы воды типа spc.
genbox -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s
1.#9 Проведём "утряску" воды:
grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm b_pr -v
1.#10 Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчёт.
1.#11 Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию:
cd ..
scp -r md/* skif:fbb/Ivanov/
1.#12 Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере.
ssh skif
cd fbb/Ivanov
grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1
mpirun -np 16 -q test -maxtime 5 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v
Запишите номер Вашей задачи.
Просмотреть ход счёта можно в файле mdrun_mpi.out-....
less mdrun_mpi.out-....
Нажмите shift+. для перехода в конец файла.
Если файл не содержит ошибок, то переходим дальше:
1.#13 Запускаем основное моделирование на суперкомпьтере.
mpirun -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v
Запишите номер Вашей задачи.
less mdrun_mpi.out-....
Нажмите shift+. для перехода в конец файла.