Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Rosetta-Tips

{{toc}}

h3. Fragments:

Генерация

<pre>
/home/domain/anur/progs/rosseta/main/source/bin/fragment_picker.default.linuxgccrelease -in:file:fasta 1.fasta -in:file:vall /home/domain/anur/progs/rosseta/tools/fragment_tools/vall.apr24.2008.extended.gz -out::file::frag_prefix pep-1 -frags::frag_sizes 9 5 3
</pre>

Если последовательность вашего белка идёт не первой цепью, то надо сдвинуть остатки в файле фрагментов:
<pre>
cp ~/progs/rosseta/demos/protocol_capture/2010/FlexPepDock_AbInitio/scripts/frags/shift.sh .
./shift.sh pep-1.200.3mers 276 > pep-1.200.shift.3mers
</pre>