Анализ результатов моделирования поведения пептида в формамиде.¶

Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи.

• Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.
  

         trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
  

  
  Откройте ваш b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
  

         trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans
  

  
  Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходят изменения. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
• Определите средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры.
  

         g_rms -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o rms_1
  

  И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.
  

         g_rms -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o rms_2 -prev 400
  

• Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.
  

         g_sas -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o sas_pep.xvg
  

  
  Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.

• Традиционным анализом является расчёт колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между пептидом и пептидом, то это будут водородные связи в пептиде. Для конца траектории:
  

         g_hbond  -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -num hbond_pep
         где X это величина в пикосекундах  для начала анализа.
  

• Не менее интересно будет изучить количество вдородных связей пептид-формамид.
  

         g_hbond  -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -num hbond_pep_sl 
  

  
  Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей с водой?. Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
• Если у нас происходит разрушение вторичной структуры, то надо построить зависимость вторичной структуры от времени:
  

         export DSSP=/home/chemclass/bin/dsspcmbi
         do_dssp  -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o ss  
         # Для просмотра переведём xpm в eps
         xpm2ps -f ss.xpm -o ss.eps -size 1000 -by 10
         ps2pdf ss.esp ss.pdf
  

  Если вас не устроит размер картинки используйте другое значение size для xpm2ps и заново сделайте pdf

  Сравните Ваши визуальные наблюдения и расчёт вторичной структуры. Наблюдения внесите в отчёт.

Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выаодами¶