Анализ результатов моделирование ДНК формамиде.¶

Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи.

Исправим влияние pdc на двух цепочечную молекулу:

mv dna_md.xtc dna_md_or.xtc
trjconv -f dna_md_or.xtc -s dna_md -o dna_md.xtc -pbc whole

• Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.
  

         trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
  

  Откройте ваш dna_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
  

         trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans
  

  Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит явные изменения в структуре ДНК. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.

• Определите средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры.
  

         g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1
  

  И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.
  

         g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2 -prev 400
  

• Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.
  

         g_sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg
  

• Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
• Традиционным анализом для ДНК является расчёт колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:
  

         g_hbond  -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna -b X
         где X это величина в пикосекундах  для начала анализа.
  

  
  Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей? Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.

Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выводами¶