DnaMelAnalysis
Version 1 (Andrey Golovin, 27.04.2013 11:18) → Version 2/6 (Andrey Golovin, 27.11.2013 17:08)
h1. Анализ результатов моделирование ДНК формамиде.
Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи.
* Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.
<pre>
trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
</pre>
Откройте ваш dna_pbc_1.pdb b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
<pre>
trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans
</pre>
Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит явные изменения в структуре ДНК. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
* Определите средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры.
<pre>
g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1
</pre>
И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.
<pre>
g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2 -prev 400
</pre>
* Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.
<pre>
g_sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg
</pre>
* Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
* Традиционным анализом для ДНК является расчёт колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:
<pre>
g_hbond -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna -b X
где X это величина в пикосекундах для начала анализа.
</pre>
Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей? Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выаодами
Начните просмотр результатов с изучения файла mdrun_mpi.out... , точки замените на номер задачи.
* Любой анализ начинают с визуального анализа движений молекул. При вопросе о выводк групп выберите DNA.
<pre>
trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol
</pre>
Откройте ваш dna_pbc_1.pdb b_pbc_1.pdb в PyMol , не забудьте включить анимацию. Если Вас не устроил результат визуализации попробуйте:
<pre>
trjconv -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o dna_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans
</pre>
Занесите ваши наблюдения в журнал. Отметье в какой момент происходит явные изменения в структуре ДНК. Для опредления соотвествия между номером модели и временем моделирования найдите в pdb файле выражение "MODEL 50" (цифра 50 это и есть номер модели) и двумя строчками выше будет упосинание о времени в моедлировании.
* Определите средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход сначала расчитаем отклонение в ходе все симуляции относительно стартовой структуры.
<pre>
g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_1
</pre>
И относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.
<pre>
g_rms -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o rms_2 -prev 400
</pre>
* Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода.
<pre>
g_sas -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -o sas_dna.xvg
</pre>
* Постройте зависимость изменения гидрофобной гидрофильной поверхностей доступных растворителю от времени. Сделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
* Традиционным анализом для ДНК является расчёт колчества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:
<pre>
g_hbond -f dna_md.xtc -s dna_md.tpr -num hbond_dna -b X
где X это величина в пикосекундах для начала анализа.
</pre>
Постройте зависимости и добавтье к отчёту. Сделайте вывод об количестве водородных связей в этом дуплексе, соотвествует ли это каноническим представлениям? Как влияет конформационный переход на количество водородных связей? Cделайте вывод о возможных причинах конформационного перехода.
h3. Напоминаю! Все построенные зависимости должны быть представлены в отчёте и должны сопровождаться обсуждением и выаодами